Helicobacter pylori`de metronidazol direnci ve virülans faktörleri ile ilişkisi

Abstract

IV ÖZET Bu çalışmada dispeptik yakınmaları olan hastalardan üst gastrointestinal endoskopi ile alınan mide biyopsi örneklerinden izole edilen 76 Helicobacter pylori suşunda metronidazol direnci, sitotoksinle ilişkili gen A (cagA), sitotoksinle ilişkili gen patojenite adast (cagPAI) varlığı, vakuolizasyon toksini A sinyal (vacAs) ve orta (vacAm) bölge genotipleri, epitele temasla indüklenen gen A (iceA) genotipleri ve endoskopik bulgular arasındaki ilişki araştırıldı. Agar dilüsyon yöntemi kullanılarak yapılan antibiyotik duyarlılık testinde 38 (%50) suş metronidazole dirençli bulundu. Genotiplendirme için H. pylori kültürlerinden hazırlanan süspansiyonlar kaynatılarak bakteriye! DNA saflaştırıldı. Özgül primerfer kullanılan polimeraz zincir tepkimesi ile 47 (%61,8) suş cagA pozitif bulundu. Sitotoksinle ilişkili patojenite adası varlığı araştırıldığında kültürlerden 42'sinın (%55,3) yalnızca cagPAI pozitif hücrelerden, 5'inin (%6,5) ise cagPAI pozitif ve negatif hücrelerin karışımından oluştuğu gözlendi. Suşlardan 23'ü (%30,3) cagPAI'na sahip değildi. Altı (%7,9) susun ise cagA delesyonu gösteren parsiyel patojenite adası içerdiği görüldü. Vakuolizasyon toksini sinyal ve orta bölge genotiplendirmesi için vacAsF - vacAsR ve vacAmF - vacAmR primer setleri kullanıldı. Suşların 19'u (%25,0) vacAslml, 211 (%27,6) vscAslm2, 19'u (%25,0) vacAs2m2 genotipinde bulundu. Yalnız 1 susta (%1,3) vacAs2ml tipinde vakuolizasyon toksini tespit edildi. Suşlardan l'inde vakuolizasyon toksini sinyal bölge genotiplendirmesi yapılamazken, 15 susun orta bölge genotipi saptanamadı. Epitele temasla indüklenen gen A tip lendi rmesinde suşların 48'inde (%63,2) iceAl, 19'unda (%25,0) iceA2 dizileri saptandı. Geri kafan 9 (%11,9) H. pylori suşunda iceA0-iceAl~iceA2 primer setiyle iceAl ve iceA2 genotipieriyle uyumlu olamayan PCR ürünü elde edildi. Bu suşlariceAla/2a olarak tiplendirildi. Bu çalışmada incelenen H. pylori suşlarında metronidazol direnci ile cagA, cagPAI varlığı, vacAs, vacAm, iceA genotipleri ve hastalarda gözlenen endoskopik bulgular arasında ilişki gözlenmedi. Anahtar sözcükler; Helicobacter pylori, cagA, cagPAI, vacA, vacAs, vacAm, iceA

VI ABSTRACT In this study 76 Helicobacter pylori strains isolated from gastric biopsy samples of patients who have undergone upper gastrointestinal endoscopy, were examined for the relation between metronidazole resistance, cytotoxin associated gene A (cagA), cytotoxin associated gene pathogenicity island (cagPAI), vacuolating cytotoxin A signal (vacAs) and middle (vac^m) regions, gene induced by contact to epithelium A (iceA) genotypes and the endoscopicaf findings. Agar dilution method was used for antibiotic susceptibility testing, in which 38 (%50) strains were found resistant to metronidazole. Genomic DNA from bacterial cultures were extacted by boiling. By using specific PCR primers, 47 (%61,8) strains were found cagA positive. When tested for cagPAI, 42 (%55,3) of the cultures were composed solely of cagPAI positive ceils, while 5 (%6,5) of them harboured a mixture of cagPAI positive and negative cells. Twenty three (%30,3) of the strains did not have cagPAI. Partial cagPAI with cagA deletion was observed in 6 (%7,9) strains. The genotyping of the signal and middle regions of vacuolating cytotoxin was performed by using vacAsF - vacAsR and vacAmF - vacAmR primer sets. Nineteen (%25,0) of the strains were typed as vacAslml, 21 (%27,6) as vac>Aslm2, 19 (%25,0) as vao4s2m2 and only one strain was typed as vacAslml. The signal sequence of vacuolating cytotoxin could not be typed in 1 strain, while 15 of the strains were untypable with middle region primers used in this study. In the genotyping of iceA region, 48 (%63,2) iceAl strains and 19 (%25) iceA2 strains were detected. The remaining 9 strains yielded a PCR product that comforms neither with iceAl nor iceA2 by using the primer set iceaA0-iceAl-iceA2. Those were typed as iceAla/2a. There was no association between cagA, cagPAI, vacAs, vacAm,vu iceA genotypes, endoscopical findings and metronidazole resistance in the H. pylori strains examined in this study. Keywords: Helicobacter pylori f cagA, cagPAI, vacA, vacAs, vacAm, iceA