Termofilik Campylobacter türleri ile ilişkili gastroenteritlerin tanısında farklı kültür yöntemlerinin karşılaştırılması, izolatların biyokimyasal ve moleküler yöntemlerle tür düzeyinde tanımlanması

Abstract

ÖZET Bu çalışmada termofilik Campylobacter türlerinin izolasyonunda en uygun metodu saptamak amacıyla üç farklı kültür yöntemi karşılaştırıldı. Diyaresi olan çocuk hastalardan alınan 514 rektal sürüntü örneği incelendi. Örnekler PBS içinde sulandırılarak iki adet CAT ağara ve bir adet seçici olmayan ağara membran filtre yardımı ile inoküle edildi. CAT agar plaklarından biri 42°C'de diğeri 37°C'de seçici olmayan besiyeri ile birlikte inkübe edildi. 36 (%7) Campylobacter susu izole edildi. 42°C'de CAT agar, 37°C'de CAT agar ve membran filtre yönteminin duyarlılıkları sırasıyla %86.1, 58.3 ve 52.8 olarak hesaplandı. 42°C'de CAT agar termofilik Campylobacter türlerinin izolasyonunda belirgin olarak daha başarılı bulundu. Ancak beş izolat (%13.9) sadece membran filtre yöntemi ile izole edilebildi. Sonuçlarımıza göre 42°C'de CAT agar ile membran filtre yönteminin birlikte kullanılması önerilmektedir. Tanımlama aşamasında, biyokimyasal reaksiyonlar ile REA'nin performansları karşılaştırıldı. Suşların tamamı REA ile başarıyla tür düzeyinde tanımlanırken biyokimyasal reaksiyonlar ile 32 suş (%88.9) tanımlanabildi. REA, geleneksel biyokimyasal reaksiyonlara göre daha hızlı ve güvenilir bulundu. Türlerin izolasyon oranları C. jejuni %83.3, C. coll %13.9 ve C. upsaliensis %2.8 olarak hesaplandı. Anahtar Kelimeler: Campylobacter, CAT agar, membran fiitre, REA.

ABSTRACT In this study three different culture methods were compared in order to optimize the recovery of thermophilic Campylobacter species. Rectal swab samples taken from 514 children with diarrhea were examined. All samples were diluted in PBS and inoculated on to two CAT agar plates and one nonselective agar by using the membrane filter method. One of the CAT agar plates was incubated at 42°C, the other one was incubated at 37°C with the nonselective agar plate. Thirty six (7%) Campylobacter strains were isolated. The sensitivities of the CAT agar at 42°C, CAT agar at 37°C, membrane filter were calculated as 86.1, 58.3 and 52.8% respectively. CAT agar at 42°C was found significantly more effective than the others in recovering thermophilic Campylobacter spp. But five (13.9%) isolates were recovered only by the membrane filter method. According to our findings we recommend the usage of CAT agar at 42°C and the filter method in combination. In identification stage, performance of biochemical reactions and REA were compared. Thirty two (88.9%) isolates were defined by biochemical reactions while all of the isolates were succesfuliy identified to the species level by REA. REA was found reliable and faster than the conventional biochemical reactions. The isolation rates of the species were calculated as C. jejuni 83.3%, C. col's 13.9% and C. upsaliensis 2.8%. Keywords: Campylobacter, CAT agar, membrane filter, REA.