Güneydoğu Anadolu bölgesi popülasyonunda Y kromozomu STR varyasyonlarının incelenmesi

Abstract

Bu çalışmada, Güneydoğu Anadolu popülasyonunda 17 Y-STR lokusunun allel ve haplotip frekanslarının belirlenmesi ve Y Kromozom Haplotip Referans Veritabanı (YHRD) 'nda yer alan haplotip verilerinin analizi ile popülasyonlar arası genetik ilişkinin incelenmesi amaçlanmıştır. Y-STR lokusları periferik kandan izole edilen DNA örneklerinde AmpFlSTR® Yfiler? PCR kiti kullanılarak çoğaltılmış ve genotiplendirme ABI PRISM® 3130 Genetic Analyzer ile yapılmıştır. Verilerin analizi için ?GeneMapper Software v. 3.2? (Applied Biosystems, FosterCity, CA, USA) ve Arlequin (Versiyon 3.5) programları kullanılmıştır. Sonuç olarak, 86 bireyde 79 farklı haplotip gözlenmiş, tüm lokuslar için haplotip çeşitliliği ve ayrım gücü (DC) sırasıyla 0.99 ve 0.92 olarak hesaplanmıştır. YHRD' de yer alan farklı popülasyonlara ait haplotip verileri bu çalışmanın sonuçları ile birlikte analiz edilmiş ve en düşük genetik uzaklık değeri Güneydoğu Anadolu popülasyonu ile İran popülasyonları arasında bulunmuştur.Anahtar Kelimeler: Y-STR, Güneydoğu Anadolu, polimorfizm, genetik uzaklık

In this study, it was aimed to determine the allele and haplotype frequencies of 17 Y-STR loci in Southeastern Anatolia population and investigate the genetic relationships between populations by analyzing the haplotype data present in Y Chromosome Haplotype Reference Database (YHRD). Y-STR loci were amplified in DNA samples isolated from peripheral blood by using AmpFlSTR® Yfiler? PCR kit and genotyping was done by ABI PRISM® 3130 Genetic Analyzer. ?GeneMapper Software v. 3.2? (Applied Biosystems, FosterCity, CA, USA) and Arlequin (Version 3.5) programmes were used for the analysis of the data. As a result, 79 different haplotypes were observed in 86 indivuals, the haplotype diversity for all loci and discrimination capacity (DC) were calculated as 0.99 and 0.92, respectively. The haplotype data for different populations present in YHRD were analysed together with the result of this study and the lowest genetic distance value was found between Southeastern Anatolia population and Iranian populations.Keywords: Y-STR, Southeastern Anatolia, polymorphism, genetic distance