Peynir ve insan örneklerinden elde edilen lactobacillus cinsi bakterilerin antibiyotik dirençliliklerinin araştırılması

Abstract

PEYNİR ve HASTA ÖRNEKLERİNDEN ELDE EDİLEN LACTOBACILLUS CİNSİ BAKTERİLERİN ANTİBİYOTİK DİRENÇLİLİKLERİNİN ARAŞTIRILMASI Arş. Gör. Bülent GÖGEBAKAN Yüksek Lisans Tezi Gaziantep Üniversitesi Sağlık Bilimleri Enstitüsü Tıbbi Biyoloji Anabilim Dalı Tez Yöneticisi: Yrd. Doç Dr. Osman ÇATALOLUK Aralık 2003, 65 sayfa ÖZET Süt ürünlerinde ve insanda bulunan ve Laktik Asit Bakterileri (LAB) ailesinin bir üyesi olan Lactobacillus türü bakterilerde erm (ermA, ermB, ermC, erm, ermGT), tetM, cat-TC ve van (van A, H, R, S, X, Y, Z, van B, X, Y, Z) antibiyotik direnç genlerinin varlığı PZT yöntemi kullanılarak araştırıldı. Bu amaçla, 14 ağız, 32 dışkı, 36 vajina olmak üzere toplam 82 insan kökenli örnek ve 20 ticari, 50 yerel peynir, 10 yoğurt, 1 ağız sütü, 15 çökelek ve 15 tereyağı olmak üzere 111 süt kökenli örnek kullanıldı. MRS sıvı (broth) ve MRS katı (agar) besiyerlerinde üretilen örneklere Gram boyama ve mikroskopi uygulanarak morfolojik çeşitliliklerine göre ağarda seyreltme yöntemiyle ortalama her örnekten 4 tek koloni alınarak tekrar MRS ağara ekimi yapıldı. Sıvı besi yerinde, ağara ilk ekimde üreyen bakterilerin ve tek koloni bakterilerinin DNA' lan bütün olarak (total DNA isolation) elde edildi, erm (ermA, ermB, ermC, erm, ermGT), tetM, cat-TC ve van (van A, H, R, S, X, Y, Z, van B, X, Y, Z) genlerine özgün primerler kullanılarak yapılan çalışmalar sonucunda ağız kökenli örneklerin % 68'inde, dışkı örneklerinin % 75'inde ve vajinal örneklerin % 80'inde ermB ve/veya tetM genlerine rastlandı. Buna karşılık süt kökenli örneklerin % 18'inde ermB ve/veya tetM genlerine rastlanılmıştır. Hiç bir örnektevan ve cat-TC genlerine rastlanmamıştır. Ayrıca ham sütte, tereyağda, ve ağız sütünde hiçbir direnç genine rastlanılmamıştır. erniB ve/veya tetM genlerine yoğunlukla insan kökenli numunelerde rastlanılmış süt ve süt ürünlerinden sadece yerel peynirlerde, ticari peynirde ve yoğurtta rastlanılmıştır. Örneklerde yapılan tiplendirme çalışmalarında Lactobacillus (L.) acidophilus (48), L. casei (5), L. plantarum (44), L. rhamnosus (33), L. jonsonii (13), türleri bulunurken L. delbrueckii, L. zeae, L. reuteri, ve L. sharpeae türlerine hiç bir örnekte rastlanılmadı. Her bir tür üzerinde yapılan PZT çalışmaları ile direnç taşıyan tür profilleri elde edilmiştir. Sonuç olarak süt ürünlerinde antibiyotik dirençliliğin pek büyük bir çapta olmamakla birlikte önlem alınması gereken boyutlarda olduğu anlaşılmaktadır. Ağız, dışkı ve vajinal florada bulunan laktobasillerin baskın bir biçimde direnç genlerine sahip olması dirençliliğin sindirim sistemi içinde elde edildiğine veya edilebileceğine işaret etmektedir. Anahtar Kelimeler: Lactobacillus, ermB, van, tetM, ve cat-TC direnci, PZT, moleküler tiplendirme

DETERMINATION OF DRUG RESISTANCE PROFILES OF LACTOBACILLUS SPECIES FOUND IN CHEESE AND HUMAN SUBJECTS Res. Asist. Bülent GÖGEBAKAN M. Sci. Thesis Gaziantep University Institute of Health Sciences Department of Medical Biology Supervisor: Asist. Prof. Dr. Osman ÇATALOLUK December2003, 65 pages ABSTRACT Resistance profiles of Lactobacillus species which are a member of lactic acid bacteria (LAB) were investigated in 14 mouth, 32 fecal, 36 vaginal samples of human origin (total 82) and 1 raw milk, 15 whey cheese, 50 hand-made cheese, 20 marketed cheese, and 10 yogurt samples of dairy origin (total 111). Strains were cultured in both MRS broth and agar. Gram staining was performed to bacteria grown on agar plates. Four single colonies were picked up from each agar plates. Total DNA isolation was performed to the single colonies. Lactobacillus species were determined by PCR with primers specific to 16S-23S rRNA intergenic sequences (IRS). Samples were found to contain Lactobacillus crispatus (78), L. gasseri (61), L. acidophilus (48), L. plantarum (44), L. rhamnosus (33), L.johnsonii (13), and L. casei (5). Using the same DNA samples erm (ermA, B, C, erm, and ermGT), van (varcAHRSXYZ, vanBXYZ), tetM, and cat-TC gene clusters were searched with specific primers to these genes. In 68 % of the mouth samples, 75 % of the fecal samples, and 80 % of the vaginal samples ermB and/or tetM resistance genes were found to present. However, only 18 % of the samples of dairy origin were found to carry ermB and/or tetM resistance genes. mThese results showed that drug resistance is not a big problem in dairy products. However, drug resistance is a problem to take measures in samples of human origin. Thus, it could be concluded that drug resistance may be obtained via gastrointestinal and vaginal tract not through dairy products. Key words: Lactobacillus, PCR, ermB, van, tetM, and cat-TC resistance, and molecular typing IV