Ülkemizde akut viral hepatit A enfeksiyonlu hastalardan elde edilen hepatit A virüsünün moleküler karakterizasyonu

Abstract

Hepatit A virüsü (HAV) özellikle gelişmekte olan ülkelerde yaygın olmak üzere küresel bir sağlık problemidir. Özellikle çocukluk döneminde meydana gelen hepatitinde en yaygın sebebidir. HAV pozitif tek zincirli bir RNA virüsü olup, 3 insan 3 maymunumsu genotipi olmak üzere toplam 6 genotipi vardır. Bu çalışmanın amacı ise, Türkiye'nin farklı coğrafi bölgelerinden HAV ile enfekte olmuş hasta serumlarının analizlerine bağlı olarak en yaygın HAV genotipini saptamaktır.Farklı coğrafi bölgelerden serumları elde edilen 137 hastanın VP1-2A bölgelerinin sekans ve filogenetik analizleri sonucunda Türkiye'de ki en yaygın genotip IB olarak bulundu (%100). Türk izolatları ile genotip IB arasında yapılan karşılaştırmada aradaki benzerlik %94.9 oldu. Türk izolatlar kendi aralarında ?Mean Percentage Nucleotide Distance? analizi ile karşılaştırıldıklarında ise arada ki benzerlik % 95.3 ile % 100 arasında değişkenlik gösterdi.Yapılan filogenetik analizler sonucunda Türkiye'de ki en yaygın genotipin IB olduğu gözlemlendi. Yapılan sekans analizi sonucunda elde edilen veriler, lokal veya büyük bir salgının var olup olmadığının anlaşılmasında önemli bir veri kaynağı oluşturarak, yapılacak olan müdahelelerin doğru ve zamanında olmasına yardımcı olmaktadır.

Hepatitis A virus (HAV) is a global public health problem especially in developing countries and the most common cause of hepatitis in childhood. HAV is a single stranded positive RNA virus subdivided to 6 genotypes (3 human, 3 simian). The aim of this study was to determine the prevalent genotype in Turkey using sera of acute HAV infected patients from different geographical regions of the country.Sera of 137 patients with acute HAV were collected for phylogenetic analysis from different geographical regions. Sequencing and phylogenetic analysis of VP1-2A junction of HAV showed that the most prevalent genotype in Turkey is 1B (100%). Comparison of Turkish isolates and reference sequences of genotype IB showed a similarity of 94.9%. When Turkish isolates were compared with each other according to Mean Percentage Nucleotide Distance analysis, similarity varied between 95.3% and 100%.Phylogenetic analysis pointed out that all Turkish isolates belong to genotype IB. Sequence analysis is a useful tool in revealing hepatitis A outbreaks, and allows us to detect and distinguish the presence of epidemic and small outbreaks.