Marmara denizinde yayılış gösteren Aurelia aurita denizanası türünün moleküler filogenisi

Abstract

Bu çalışmada, Marmara Denizi sahillerinde yayılış gösteren Aurelia aurita denizanası türünün moleküler karakterizasyonunun belirlenmesi hedeflenmiştir. Ekim 2017- Şubat 2018 tarihleri arasında Marmara Denizi'nin kuzey ve güney sahillerinden 4 istasyon ve toplamda 28 denizanası örneği toplanarak, DNA izolasyonları yapılmıştır. Mitokondrial Sitokrom Oksidaz Altünite I (COI), 16S rDNA, nüklear 18S rDNA ve Internal Transcribed Spacer 1 (ITS1) gen bölgeleri Polimeraz Zincir Reaksiyonu (PCR) ile amplifiye edildikten sonra DNA Dizi Analizi yapılmıştır. Elde edilen diziler Chromas (v.2.6.5.) programı ile FASTA formatında kaydedilip NCBI BLAST'a yüklenerek, veri bankasında kayıtlı diğer dizilerle benzerlikleri karşılaştırılmıştır. İlgili gen bölgelerine ait tüm diziler MEGA (v.7.0) programına yüklenerek modelleme yöntemleri ve mesafeleri belirlenmiştir. Bootstrap 1000'de filogenetik ağaçları oluşturulmuştur. Sonuç olarak, 18S rDNA geninin denizanası türlerini belirleme oranının düşük olmasına rağmen COI, 16S rDNA ve ITS1 genlerinin tür bazında ayırım gücünün yüksek olduğu bulunmuştur.

In this study, it was aimed to determine the molecular characterization of the Aurelia aurita jellyfish line which is spread in Marmara Sea coasts. Between October 2017 and February 2018, 4 station and totally 28 samples of jellyfish from the northern and southern coasts of the Sea of Marmara were collected and DNA isolations were made. DNA Sequence Analysis was performed after amplification with Polymerase Chain Reaction (PCR) by mitochondrial Cytochrome Oxidase Substrate I (COI), 16S rDNA, nuclear 18S rDNA and Internal Transcribed Spacer 1 (ITS1) gene region. The obtained sequences were recorded in FASTA format and uploaded to NCBI BLAST with Chromas (v.2.6.5.) program and their similarities were compared with the other sequences recorded in the data bank. All sequences belonging to the respective gene regions were loaded into the MEGA (v.7.0) program, and modeling methods and distances were determined. Phylogenetic trees were created in Bootstrap 1000. As a result, although the rate of detection of jellyfish species of the 18S rDNA gene is low, the discrimination power of COI, 16S rDNA and ITS1 genes is found to be high.