Yabani şeker pancarı türlerinde rhizomania`ya dayanıklı genotiplerin belirlenmesi

Abstract

Rhizomania hastalığı şeker veriminde %80'lere kadar düşüşe neden olmakta ve pancar ekim alanlarımızın tamamına yakınının Rhizomania ile bulaşık olduğu kabul edilmektedir. Hastalığa yol açan Şeker Pancarı Nekrotik Sarı Damar Virüsü = BNYVV'ye karşı kimyasal mücadele yöntemleri etkisiz olup, ülkemizin bütün pancar ekim alanlarında dayanıklı çeşitlerin kullanılması kaçınılmazdır. Şeker pancarının yabani türleri, bazı morfolojik karakterler ile stres faktörlerine, hastalık ve zararlılara dayanıklılık gibi genetik özellikleri açısından önemli bir gen kaynağıdır. Yabani pancar populasyonlarında, Real Time PCR ile virüs genlerinin ifade analizleri, Rhizomania'ya dayanıklı genotiplerin ortaya çıkarılması açısından oldukça önemlidir.Bu tez çalışmasında; BNYVV virüsüne ait gen bölgelerinin ifade analizleri, Beta ve Corollinae seksiyonuna ait yabani pancar genotiplerinde, virüs genlerinin bitki genomundaki bulunma oranını çok hassas olarak tanımlayabilen ve virüs gen ifade analizlerine olanak sağlayan TaqMan Real Time PCR ile gerçekleştirilmiştir. B. maritima, B. adanensis, B. trigyna, B. lomatogona, B. corolliflora, B. intermedia ve B. macrorhiza' ya ait genotipler arasında BNYVV RNA1, RNA2, RNA3 ve RNA4 bölgeleri açısından düşük ifade farklılıkları ile BNYVV' ye karşı yüksek tolerans gösterdikleri belirlenmiştir. Seksiyonlar açısından farklılıkların düşük olmasının yanı sıra; genotipler açısından tolerans farklılıklarının olabileceği belirlenmiştir.

Rhizomania is a disease of sugar beet caused by Beet Necrotic Yellow Vein Virus (BNYVV) and it can reduce sugar yield up to 80% in sugar beet. In Turkey, it has been estimated that almost all sugar beet cultivation areas have been infected with Rhizomania. Due to the fact that there is no chemical treatment existing against disease-causing BNYVV, cultivation of disease-resistant sugar beet types is inevitable in Turkey's infested cultivation areas. Wild types of sugar beet are very valuable gene sources and have some morphological characteristics which make them resistant to diseases, pests, and stress factors. In the wild sugar beet population, investigation of the virus gene expression analysis via TaqMan Real Time PCR method in order to screen disease-resistant plant gene regions will be important for obtaining disease-resistant genotypes. In this thesis, TaqMan Real Time PCR analysis was performed for Beta and Corollinae section of the wild sugar beet. This method is able to detect abundance of virus genes in plant genomes very sensitively and enables us to perform gene expression analysis. It was observed that there were small expression differences in RNA1, RNA2, RNA3 and RNA4 regions of the BNYVV amongst genotypes of B. maritima, B. adanensis, B. trigyna, B. lomatogona, B. corolliflora, B. intermedia and B. macrorhiza. It was also shown that these genotypes are tolerated to BNYVV. In addition to low differences between Beta and Corollinae sections, it was observed that there might be differences between tolerances of genotypes.