Akut kırım kongo kanamalı ateşi hastalarında mikroRNA ifadelerinin analizi

Abstract

Kırım Kongo Kanamalı Ateşi Virüsü (KKKAV) ile konak hücre arasındaki ilişkinin tanımlanmasına olanak sağlayacak ipuçlarını elde edebilmek amacıyla miRNA ifade profillerinin irdelenmesi önem arz etmektedir. Bu konuda daha önce yapılmış herhangi bir çalışma bulunmaması ise miRNA ifade profillerinin incelenmesi sonucu elde edilen verileri değerli kılmaktadır. Bu noktadan hareketle, KKKA hastalığı tanısı konmuş 8 birey ile kontrol grubunu oluşturmak üzere sağlıklı 5 kişiden alınan kan örneklerinde tanımlanmış tüm insan miRNA'nın ifade analizi gerçekleştirildi. Bu amaçla söz konusu bireylerin beyaz küre hücrelerinden (WBC) elde edilen RNA ile gerçek zamanlı polimeraz zincir reaksiyonu eş-zamanlı PZR Dizin yöntemi kullanılarak bu hastalıkta anlamlı olarak ifade değişikliği gösteren miRNA'lar tespit edildi. Elde edilen veriler ΔΔCt istatistiksel yöntemi kullanılarak analiz edildi. Değerlendirmeye alınan miRNA'lar analiz sonucu elde edilen kat değişimlerine ve p değerlerine göre seçildi. Seçilen miRNA'lar ile yolak zenginleştirme analizi yapıldı. Elde edilen veriler ışığında ifade oranlarında azalma tespit edilen miR-146a, miR-410, miR-493 ve miR-655 ile ifade oranlarında artış tespit edilen miR-451, miR-486-5p miR-608 ve miR-541'in enfeksiyonun başlangıcı ve ilerlemesinde rol oynadığı düşünülmektedir. Gerçekleştirilen yolak zenginleştirme analizleri ise MAPK sinyali, sitokin-sitokin etkileşim, Wnt sinyal ve endositozis gibi yolakların KKKA hastalığın patogenizinde önemli rol alabileceğini ortaya koymaktadır.

Enlightening the microRNA expression profiles is crucial to be able to identify the key points that will likely to enlighten relationship between Crimean Congo hemorrhagic fever virus (CCHV) and its host cell. There is not any published data about that topic which makes the results of this study important. To do so, in this study, 13 RNA samples from 8 CCHF patients and five control groups were compiled and processed using the real-time PCR Array method to analyze the most abundant expressed and best identified 1066 miRNAs in human. Using real-time PCR Array method, miRNAs which show significant fold change were selected. ΔΔCt statistics was employed for analyzing the data. MicroRNAs were selected based on their fold change and p values, and pathway enrichment analysis was performed accordingly. Our hypotheses are that miR-146a, miR- 410, miR-493 and miR-655 have decreased expression levels and miR-451, miR-486-5p miR-608 and miR-541 have increased expression levels and they may have an important roles in the devolepment of CCHFV infection. Pathway enrichment results suggest that MAPK signaling, cytokine-cytokine interaction receptor, wnt signaling, endocytosis pathways may have important roles in the disease pathogenesis.