Akciğer kanserinde moleküler tedavi hedeflerinin saptanması amaçlı ve yeni nesil dizileme tabanlı tanı kiti

Abstract

Akciğer kanseri tüm dünyada kanser nedenli ölümler arasında erkeklerde birinci kadınlarda ikinci sırada yer almaktadır. Her yıl dünya genelinde yaklaşık 1,5 milyon ölüme neden olan akciğer kanseri küçük hücreli ve küçük hücreli dışı akciğer kanseri olmak üzere iki gruba ayrılmaktadır. Küçük hücreli dışı akciğer kanseri (KHDAK) tüm akciğer kanseri vakalarının yaklaşık olarak %80'ini oluşturmaktadır. KHDAK tedavisinde cerrahi, radyoterapi ve kemoterapi yanında son yıllarda moleküler düzeyde hedefe yönelik tedavi yöntemleri gelişmektedir. KHDAK tedavisinde yol gösterici olan mutasyonların tek seferde ve az miktarda DNA örneği ile saptanması bu nedenle önem kazanmıştır.Bu tez çalışmasının amacı küçük hücreli dışı akciğer kanseri için moleküler tedavi hedefi olan mutasyonların tümünün tanınmasına yönelik yöntem geliştirilmesidir. Bu amaç doğrultusunda; gen bölgelerinin çoğaltılmasına yönelik primerler tasarlanmış ve belirlenen mutasyon bölgelerinin multipleks PCR yöntemi ile çoğaltılması ve barkodlama işlemi sonrasında yeni nesil dizileme platformu Illumina MiSeq ile dizileme çalışmaları gerçekleştirilmiştir. Sonuç olarak KHDAK ile ilişkili olan EGFR, KRAS, AKT1, HER2, PIK3CA, BRAF, MEK1 ve ALK genlerinde bulunan nokta mutasyonların genomik DNA üzerinden ve ALK, ROS1 ve RET genlerinin oluşturdukları füzyonların mRNA'dan elde edilecek cDNA üzerinden multipleks PCR yöntemi ile saptanmasını sağlayacak yeni nesil dizileme tabanlı tanı yöntemi geliştirilmiştir.

Lung cancer is the leading cause of cancer death among men and the second among women world wide. Each year lung cancer causes 1.5 million deaths. Lung cancer is classified as small cell lung cancer and non small cell lung cancer. About %80 of lung cancer are non small cell lung cancer (NSCLC). In the treatment of NSCLC, the molecular targeted therapy approach is developing in recent years in addition to the surgical, radiotherapy and chemotherapy approaches. For this reason determining the NSCLC related mutations all at once with a small amount of DNA sample is gaining importance.The aim of this thesis is to develop a novel method in order to screen the target mutations in molecular therapy of non small cell lung cancer. With this perspective primers were designed in order to amplify these gene regions, and after amplification with multiplex PCR method and barcoding process, sequencing was performed with the next generation sequencing platform Illumina MiSeq. As result, a diagnosis method based on next generation sequencing that determines the NSCLC related point mutations of EGFR, KRAS, AKT1, HER2, PIK3CA, BRAF, MEK1 and ALK genes from genomic DNA and fusions of ALK, ROS1 and RET genes from mRNA originated cDNA has been developed.