EGFR odaklı meme kanseri tedavilerinde mikroRNA ifadesinin belirlenmesi

Abstract

Meme kanseri kompleks moleküler mekanizmaya sahip, gelişmiş ülkelerde kadınlarda en fazla oranda görülen kanser türüdür. ERBB (EGFR) reseptör ailesine ait HER2 reseptörünün aşırı şekilde ifade edildiği alt tipin görüldüğü hasta oranı %30 civarında seyretmektedir. Bununla birlikte tedavide kullanılan odaklı terapilere (trastuzumab, lapatinib vb.) karşı direnç gelişimi büyük bir sorundur.mikroRNA'ların (miRNA) keşfi ile birlikte meme kanserine katkı yapan ya da tam tersi hücre çoğalmasını sonlandıran pek çok miRNA'nın varlığı tespit edilmiştir. Yapılan son çalışmalarla miRNA'ların tedavi üzerine varlığına odaklanılmakta, tedavi sürecinde rol alabilecek alternatif hedef moleküller olarak kullanımları araştırılmaktadır. Bununla birlikte tedaviye duyarlı miRNA'ların hedef gen profili üzerinde detaylı analizine gidilmemiş, ilaç tedavilerinde etkiledikleri mekanizmalar tam olarak aydınlatılmamıştır.Bu tez çalışmasında HER2 pozitif meme kanseri hücreleri BT-474 ve SK-BR-3'te trastuzumaba ve lapatinibe duyarlı miRNA'lar tespit edilmiş ve AGO2-IP analizi kullanılarak miRNA hedeflerinin detaylı analizi gerçekleştirilmiştir. Ek olarak trastuzumaba duyarlı miRNA'lar kullanılarak yapılan network (ağ) analizi sonucu ilaca duyarlı miRNA'lar tarafından kontrol edilen mekanizmaların varlığı sistemik seviyede araştırılmıştır.

Breast cancer is the most common cancer seen in women. It is a complex disease with different molecular subtypes and some certain receptors have an important role on its molecular classification as well as progression and treatment. HER-2/neu is one of these receptors, which is found to be overexpressed in 20-30% of the patients. It contributes to the progression and pathogenesis of the breast cancer. MicroRNAs (miRNAs) are endogenous non-coding RNAs in 21-25 nucleotides long. They regulate gene expression at the post-transcriptional level and miRNA deregulation is important in many pathological conditions including breast cancer. It is known that some miRNAs show oncogenic and tumor suppressor properties and they might also have effective roles in drug treatment by mediating gene regulation in cancer.In this study, we aimed to identify miRNA-mediated mechanisms driven by the drug responsive miRNAs and their target genes in lapatinib and trastuzumab treatment. For this purpose, we first found out the drug responsive miRNAs and then we focused on their functional characterization by looking for their potential effects in breast cancer cell lines. We also performed an AGO2-IP experiment to pull down the targets of drug responsive miRNAs. In addition, we constructed miRNA-miRNA networks to figure out the miRNA-mediated mechanisms at systemic level in trastuzumab treatment.