Mercimek (Lens culinaris Medik.) çeşitlerinin DNA barkodlamametodu ile tanımlanması

Abstract

Bu çalışma; Türkiye'de üretim iznine sahip mercimek çeşitlerini DNA barkodları ile tanımlamak amacıyla yapılmıştır. Çalışmada 34 adet Türkiye ve 1 adet Kanada menşeli çeşit kullanılmıştır. Barkod geni olarak `CBOL (The Barcode of Life Data) Bitki Grubu` tarafından önerilen rbcL, matK ve trnH-psbA kloroplast genleri seçilmiştir. 3 lokus da evrensel primerler kullanılarak PCR ile başarılı bir şekilde çoğaltılmıştır. Ancak PCR ürünlerinin dizilenmesinde sorun yaşanmıştır. Dizileme sorunlarının muhtemel sebepleri öngörülerek alternatif yöntemler uygulanmıştır. Uygulanan yöntemler sonucunda trnH-psbA lokusu %100 başarı ile dizilenmiştir. Başarı oranı matK lokusu için %75, rbcL lokusunda ise dizileme sorunları çözülememiştir. trnH-psbA ve matK lokusundan elde edilen dizi bilgileri `Mega X` programında `ClustalW alignment` metodu ile hizalanmış ve `UPGMA` metoduna göre filogenetik ağaç oluşturulmuştur. rbcL lokusuna ait verilerin yetersiz olması sebebiyle filogenetik analizlere dahil edilmemiştir. Çeşitlerden elde edilen diziler kırmızı ve yeşil taneli olmak üzere iki grupta incelenmiş toplamda çeşitleri tanımlayıcı 18 haplotip elde edilmiştir.

This study was conducted in order to identify lentil varieties with DNA barcodes that have permission to be produced in Turkey. 34 varieties originating from Turkey and 1 species originating from Canada were used in the study. The rbcL, matK and trnH-psbA chloroplast genes proposed by the `CBOL (the Barcode of life data) Plant group` were selected as the barcode gene. 3 loci have also been successfully replicated with PCR using universal primers. However, there has been trouble sequencing of PCR products. Alternative methods were applied in anticipation of possible causes of sequencing problems. The trnH-psbA locus was sequenced with 100% success as a result of the methods applied. The success rate is 75% for the matK locus and the sequencing problems for the rbcL locus have not been solved. The sequence information from the trnH-psbA and matK locus is aligned with the `ClustalW alignment` method in the `Mega X` program and the phylogenetic tree is formed according to the `UPGMA` method. It was not included in phylogenetic analyses due to insufficient data on loci rbcL. The sequences obtained from the cultivars were examined in two groups as red and green grains. A total of 18 haplotypes were obtained to describe the cultivars.