İmmün sistemi sağlam ve immün sistemi baskılanmış yatan hastalarda real time PZR ile Pneumocystis jirovecii pozitif saptanan olgularda multilokus sekanslama ile P. jirovecii genotiplerinin belirlenmesi: Bir moleküler epidemiyolojik çalışma

Abstract

Pneumocystis jirovecii immün sistemi baskılanmış hastalarda Pneumocystis pnömonisine (PcP) neden olan fırsatçı bir mantar türüdür. İmmün sistemi sağlam bireylerde ise kolonize olabilmekte ve hastalığın bulaşmasında rol oynayabilmektedir. Bu çalışmanın amacı, PcP hastalarından (n=84) alınan BAL ve balgam örneklerinden elde edilen P. jirovecii izolatlarının CYB, mt26S ve SOD lokusları baz alınarak multilokus dizi analiziyle genetik çeşitliliğini araştırmaktır. İncelenen 84 izolattan 27 tanesi tüm lokuslar kullanılarak genotiplendirilmiştir. Üç izolat CYB ve mt26S lokusları kullanılarak, bir izolat ise mt26S ve SOD lokusları kullanılarak genotiplendirilmiştir. Mt26S lokusu analizlerinde allel 2,3,7 ve 8 genotipleri bulunurken SOD lokusu analizlerinde SOD 1,2 ve 4 genotipleri tespit edilmiştir. CYB lokusu analizleri sırasında CYB 1,2,5,6 ve 7 genotipleri ve ek olarak yeni bir CYB genotipi bulunmuştur. Multilokus sekanslama sonuçlarına göre bulunan multilokus genotipler ise E, F, M, N, P, V ve mixed gruplarıdır. CYB daha polimorfik bir lokusa sahipken genotiplendirmede en başarı olunan lokus mt26S lokusudur.

Pneumocystis jirovecii is an opportunistic fungus that causes Pneumocystis pneumonia (PcP) in immunocompromised patients. In immunocompetent individuals, it can be colonized and play a role in the transmission of the disease. The aim of this study is to investigate the genetic diversity by multilocus sequence analysis of P. jirovecii isolates obtained from BAL and sputum samples from PcP patients (n = 84) based on CYB, mt26S and SOD loci. 27 of 84 isolates were genotyped using all loci. Three isolates were genotyped using CYB and mt26S loci, and one isolate was genotyped using mt26S and SOD loci. While allele 2,3,7 and 8 genotypes were found in Mt26S locus analyzes, SOD 1,2 and 4 genotypes were detected in SOD locus analyzes. During the analyzes of CYB locus, CYB 1,2,5,6 and 7 genotypes and additionally a new CYB genotype were found. The multilocus genotypes found according to the results of multilocus sequencing are E, F, M, N, P, V and mixed groups. While CYB has a more polymorphic locus, the most successful locus in genotyping is the mt26S locus.