Measles virus RNA investigation in peripheral whole blood specimens collected from subacute sclerosing panencephalitis patients by real-time PCR method

Abstract

Subakut Sklerozan Panensefalit (SSPE) SSPE hastalığı, kızamık enfeksiyonu sırasında mutasyona uğramış kızamık virüsünün dormant haldeyken beyine yerleşmesiyle hastalık geçirildikten yıllar sonra aktif hale geçerek beyinde geri dönüşü olmayan tahribatlara yol açan ölümcül bir hastalıktır. SSPE'nin teşhisinde kızamık virüsünün araştırılması için eş-zamanlı PZR tekniği kullanılarak yapılan çalışmalar en güvenilir pozitif sonuçları vermesi bakımından genellikle beyin biyopsi materyallerinin kullanımına dayanmaktadır. Ancak kan örnekleriyle yapılan bir çalışmada pozitif sonuçlara rastlanması, hedef materyal olarak beyin yerine daha kolay elde edilen kan örneklerinin kullanımının önünü açmıştır. Bu çalışmada kızamık aşısı ve bir hastadan hücre kültürü yöntemiyle elde edilmiş kızamık suşu pozitif kontrol, Yeditepe Üniversitesi Hastanesi'nin sağladığı altı sağlıklı donörden elde edilen tam kan örnekleri ise negatif kontrol olarak kullanılmıştır. SSPE'ye sebep olan kızamık virüsünde N (nükleoprotein) genince kodlanan RNA'nın en fazla rastlanılan trankript olması nedeniyle N geninin çoğaltılmasına karar verilmiştir.Biz bu çalışmada bir SSPE hastasının kan örneğinden pozitif sonuç almayı başardık. Ancak diğer hastalarda N RNA varlığını tespit edemedik. Sonuç olarak eş-zamanlı PZR validasyonu bir pozitif sonuçla doğrulanmış oldu. Ancak internal kontrol kullanılarak uygulanan daha kapsamplı multipleks eş-zamanlı PZR yöntemleri ve sekanslama ile birlikte yapılan daha detaylı moleküler analizler SSPE teşhisinde daha tutarlı ve güvenilir sonuçların elde edilmesi için gereklidir.

Subacute Sclerosing Panencephalitis (SSPE) disease is an infection resulted from a virus which undergoes mutation during measles infection and is transferred to the brain in its dormant form. It can turn into its active form after many years and leads to irreversible damages in CNS and followed by death. Studies performed with real-time PCR method in diagnosis of SSPE is generally based on using brain biopsy materials for investigation measles virus (MV) RNA considering its being most reliable and frequently positive material. However, that positive results were found in a study carried out with blood samples of SSPE patient, shed a light on using blood material, which is easier to obtain, as a target material instead of brain material. In this study, measles vaccine and cell cultured measles strain from a patient were used as positive controls and whole blood specimens of six healthy donors provided from Yeditepe University Hospital were used as negative controls. Since it is determined that RNA encoded by N (nucleoprotein) gene belonging to the genome of the measles virus causing SSPE is the most abundant transcript, it was aimed to amplify N gene of MV-RNA. In this study we succeeded to obtain a positive result in a SSPE patient blood sample. However, no N RNA detection could be achieved in rest of the other patient blood samples. As conclusion, real-time PCR method validation we performed was confirmed with one positive result. Nevertheless, development of more comprehensive multiplex real-time PCR methods using internal control and additionally further detailed molecular analysis by sequencing will be required to obtain more accurate and conclusive results in diagnosis of SSPE.