Associations of ADAM 33 and eNOS gene polymorphisims in bronchopulmonary dysplasia

Abstract

Bronkopulmoner displazi (BPD) 37 haftalık gestasyonel yaş öncesinde doğmuş olan prematüre bebeklerde perinatal/neonatal akciğer hasarına ve ciddi morbiditeye yol açabilen bir kronik respiratuar hastalıktır. Yalnızca tek bazda değişimin görüldüğü, DNA'daki küçük genetik değişiklikler `Tek Nükleotid Polimorfizmi (SNP)` olarak bilinir. Bu tip polimorfizmler genom sekansındaki belirli bir yerdeki tek bir nükleotid (A, T, C veya G) değiştiği zaman ortaya çıkar. eNOS (rs179983) hava yollarında gerçekleşen fizyolojik süreçlerde rol alan önemli bir mediyatördür. ADAM33 (kromozom 20, bir disintegrin ve metaloproteinaz domaini 33) (rs 2280090) ise pozisyonel klonlama yöntemiyle astımda tanımlanmış ilk gendir. Bu çalışmanın amacı, premature bebeklerde BPD'nin gelişimine katkı sağlayabilecek risk faktörleri olarak ADAM33 ve eNOS gen polimorfizmleri arasında gerçekleşebilecek olası ilişkileri araştırmaktı. Yüz yirmiiki kan örneği Kanuni Sultan Süleyman, Göztepe ve Ümraniye Hastanelerinden toplandı. DNA izolasyonu PureLinkTM Genomik DNA Mini Kit kullanılarak yapıldı ve DNA örneklerinin konsantrasyonları Implen P 300 nanofotometre kullanılarak ölçüldü. ADAM33 (rs 2280090) ve eNOS (rs1799983)'un SNP analizleri için optimize primerler (TaqMan SNP Assays) kullanıldı. Real Time Polimeraz Zincir Reaksiyonu (QRT-PCR) CFX96 termocycler kullanılarak gerçekleştirildi. Ki-kare χ2 testi, Fisher kesin olasılık testi, göreceli olasılıklar oranı ve güvenilirlik aralığı alelik ve genotip frekanslarının karşılaştırılmaları için hesaplandı. Sonuçlar ADAM33 geninin AA genotipinin (p=0,006*; OR 2.54 %95 CI 1.179-5.494) ve eNOS'un GG genotipinin (p=0.000*; OR 1.89, %95 CI 1.514-2.148) BPD geliştirmek konusunda risk faktörleri olduğunu gösterdi.

Bronchopulmonary dysplasia (BPD) is a chronic respiratory disease which can cause perinatal/neonatal lung injury and serious morbidity in premature infants that are born before 37 weeks of gestational age (GA). Small genetic changes of DNA that vary in only one base are known as Single Nucleotide Polymorphisms (SNPs). This type of polymorphism occurs when a single nucleotide (A, T, C, or G) in a specific position in the genome sequence is altered. eNOS (rs179983) is an important mediator of physiologic processes in the airways and ADAM33 (chromosome 20, a disintegrin and metalloproteinase domain 33) (rs 2280090) is the first gene identified in asthma by positional cloning. The aim of this study was to investigate possible associations between ADAM 33 and eNOS gene polymorphisms in premature infants, as a risk factors for development of BPD. One hundred and twenty two blood samples DNA isolation was carried out using the PureLinkTM Genomic DNA Mini Kit and the concentration of the DNA samples was measured by nanophotometer Implen P 300. For the SNP analysis of ADAM33 (rs 2280090) and eNOS (rs1799983) optimized primers (TaqMan SNP Assays) were used. Real Time Polymerase Chain Reaction (QRT-PCR) was carried out in a CFX96 thermocycler. Chi-square χ2 test, Fisher's exact test, the odds ratio and confidence intervals were calculated for the comparisons of allelic and genotype frequencies. The results indicated that the AA genotype (p=0,006*; OR 2.54 95% CI 1.179-5.494) of ADAM 33 gene and GG genotype (p=0.000*; OR 1.89, 95% CI 1.514-2.148) of the eNOS gene were risk factors for developing BPD.