Şeker pancarı (Beta vulgaris L.) kromozomlarının mikrosatelit lokusları bakımından karakterize edilmesi

Abstract

Şeker pancarı, dünyanın ticari şekerinin % 22'sine ve ABD'nin yerli üretiminin yaklaşık yarısına kadarını üretmektedir. İlk yılda yaprak ve depo kökleri geliştiren iki yıllık bitki, ardından ikinci yıl içinde çiçek ve tohum ekimi yapılan bienal bitkidir. Bu önemli bitkiye ait en kapsamlı genomik çalışma 2014 yılında Dohm ve ekibi tarafından gerçekleştirilmiş olup; 9 linkaj grubuna yeni nesil dizileme sonucu geliştirilen genom sekansları yerleştirilmiştir. Bu tez kapsamında bu kromozomlara ait sekans verileri mikrosatelit markörleri yönünden analiz edilmiş olup yeni nesil çok sayıda markör geliştirilmiştir. Bu yeni geliştirilen markör seti tezin en önemli çıktısı olmaktadır. Geliştirilmiş olan markör seti veri tabanlarında biyoinformatik olarak analiz edilerek olası protein fonksiyonları tahmin edilmiştir. Bu çalışma da başlı başına tezin önemli bir çıktısı olmaktadır. Ayrıca geliştirilmiş olan markör setinin bir kısmı ile bir şeker pancarı popülasyonu çeşitlilik yönünden karakterize edilmiştir.

Sugar beet produces 22% of the world's commercial sugar and about half of US domestic production. It is a biennial plant that developes leaf and storage roots in the first year and then flowers and seeds in the second year. The most comprehensive genomic study of this important plant was carried out in 2014 by Dohm et al., and genome sequences developed as a result of next genereation sequencing were placed in 9 linkage groups. In this thesis, sequence data of these chromosomes have been analyzed in terms of microsatellite markers and many new generation markers have been developed. This newly developed marker set is the most important output of this thesis. The developed marker set was analyzed bioinformatically in the databases and possible protein functions were estimated. In addition, also this is another important outcome of this thesis. Furthermore, a sugar beet populatin was characterized about diversity with a portion of the developed marker set.