Show simple item record

dc.contributor.advisorKarakuş, Ayşe
dc.contributor.authorPadak, Yusuf
dc.date.accessioned2020-12-10T11:18:02Z
dc.date.available2020-12-10T11:18:02Z
dc.date.submitted2019
dc.date.issued2020-07-29
dc.identifier.urihttps://acikbilim.yok.gov.tr/handle/20.500.12812/258442
dc.description.abstractParamphistomum türlerinin morfolojik olarak teşhisi mikroskobik yöntemlerle yetersiz olduğundan, kesin teşhis için moleküler yöntemlere ihtiyaç duyulmaktadır. Bu çalışma Mart 2018–Eylül 2018 tarihleri arasında Van Belediye mezbahasına kesime getirilen ruminantlarda bulunan Paramphistomum spp.'nin moleküler yöntemler ile identifikasyonu amaçlandı. Çalışma materyali, toplam 100 adet enfekte ruminantdan (50 sığır ve 50 koyun) toplanan ergin Paramphistomum spp.'lerden oluşmaktadır. Paramphistomum parazitlerinin DNA izolasyonları, ticari kit ile yapıldıktan sonra rDNA ITS2 gen bölgesi PCR ile çoğaltıldı. Elde edilen PCR ürünleri agaroz jelde yürütülerek 399 bp'lik bantlar elde edildi. Amplikonlar sekanslanmış ve BLAST ile Genbank'daki referans sekanslarla karşılaştırıldı. İzolatların genotipleri tam veya en yakın benzerliklerine göre belirlendi. Ayrıca, Neighbour-Joining Tree kullanılarak MEGA 7 program ile filogenetik ağaç oluşturuldu. Çalışmamızda elde edilen 10 adet PCR ürünününden çift yönlü sekans analizi yapıldı. Sekans analizi sonucu 5 koyun ve 3 sığırdan Paramphistomum leydeni, 2 adet sığırdan ise Calicophoron daubneyi identifiye edildi. Sonuç olarak, Türkiye'de daha önce morfolojik tanı yöntemleri ile varlığı bildirilen Calicophoron daubneyi'nin Van ilinde moleküler yöntemler ile varlığı kesinlik kazanmış olup, ayrıca daha önce Türkiye'de bildirilmeyen P. leydeni ise ilk defa moleküler yöntemlerle bu çalışma ile tespit edildi.
dc.description.abstractSince the morphological diagnosis of Paramphistomum species is insufficient by microscopic methods, molecular methods are needed for definitive diagnosis. In this study, it was aimed to identify by molecular methods of Paramphistomum spp in ruminants that were brought in Van Municipality slaughterhouse between March 2018 and September 2018. The study material consisted of adult Paramphistomum spp, collected from 100 infected ruminants (50 cattle and 50 sheep). DNA isolations of Paramphistomum parasites were made by commercial kit and then rDNA ITS2 gene region was amplified by PCR. The resulting PCR products were run on agarose gel and 399 bp bands were obtained. Amplicons were sequenced and compared with reference sequences in Genbank with BLAST. Genotypes of isolates were determined according to their complete or nearest similarities. Also, a phylogenetic tree was created with MEGA 7 program by using Neighbor-Joining Tree. In our study, bi-directional sequence analysis was performed from 10 PCR products obtained. As a result of the sequence analysis, 5 sheep and 3 cattle were identified as Paramphistomum leydeni, while 2 cattle were identified as Calicophoron daubneyi. In conclusion, previously diagnosed with of morphological methods C. daubneyi in Turkey which has become definite the diagnosis with molecular methods in Van province. Also the presence of the previously unreported P. leydeni was determined by molecular methods for the first time in Turkey.en_US
dc.languageTurkish
dc.language.isotr
dc.rightsinfo:eu-repo/semantics/openAccess
dc.rightsAttribution 4.0 United Statestr_TR
dc.rights.urihttps://creativecommons.org/licenses/by/4.0/
dc.subjectParazitolojitr_TR
dc.subjectParasitologyen_US
dc.titleVan Belediye mezbahasında kesilen ruminantlarda paramphistomum SPP.`nin moleküler identifikasyonu
dc.title.alternativeMolecular identification of paramphistomum SPP. in ruminants cut in Van municipality slaughterhouse
dc.typemasterThesis
dc.date.updated2020-07-29
dc.contributor.departmentParazitoloji Anabilim Dalı
dc.subject.ytmAbattoirs
dc.subject.ytmRuminants
dc.subject.ytmParamphistomiasis
dc.subject.ytmParamphistomum
dc.subject.ytmPolymerase chain reaction
dc.subject.ytmMolecular structure
dc.subject.ytmVan
dc.identifier.yokid10268637
dc.publisher.instituteSağlık Bilimleri Enstitüsü
dc.publisher.universityVAN YÜZÜNCÜ YIL ÜNİVERSİTESİ
dc.identifier.thesisid584174
dc.description.pages47
dc.publisher.disciplineDiğer


Files in this item

Thumbnail

This item appears in the following Collection(s)

Show simple item record

info:eu-repo/semantics/openAccess
Except where otherwise noted, this item's license is described as info:eu-repo/semantics/openAccess