Mardin ili buğday üretim alanlarındaki arpa sarı cücelik virüs (Barley yellow dwarf viruses; BYDVs)`lerinin multipleks rt-pcr yöntemi ile araştırılması ve bazı virüs izolatlarının moleküler karakterizasyonları

Abstract

Mardin ili ve ilçelerinde buğday üretim alanlarında Arpa sarı cücelik virüslerini (BYDV-PAV, BYDV-MAV, BYDV-SGV, BYDV-RMV ve CYDV-RPV) belirlemek amacı ile 2017 yılında survey çalışmaları yapılmıştır. Survey çalışması kapsamında toplanan 400 örnekte virüs tespiti için multipleks RT-PCR ve RT-PCR yöntemleri kullanılmıştır. Testlenen 400 örneğin 10'nunda BYDV-PAV (% 2.5), 7'sinde BYDV-SGV (% 1.75), 2'sinde CYDV-RPV (% 0.5) ve 1'inde BYDV-RMV (% 0.25) tespit edilmiştir. Pozitif izolatların 7'sinde BYDV-PAV+BYDV-SGV (%1.75) ve 1'inde BYDV-PAV+CYDV-RPV (% 0.25) karışık infeksiyon belirlenmiştir. Mardin ilinde buğday virüslerinin genel infeksiyon oranı % 3.0 olarak bulunmuştur. Testlenen 400 buğday yaprağı örneğinin hiçbirinde BYDV-MAV tespit edilememiştir. Yürütülen bu çalışmada Mardin ilinde BYDV-PAV, BYDV-SGV, BYDV-RMV ve CYDV-RPV virüsleri ilk defa tespit edilmiştir.Tespit edilen virüslerin kılıf protein gen bölgesinin karakterizasyonu için herbir virüs türünden bir pozitif izolat seçilerek kılıf protein gen bölgeleri karakterize edilmiştir. BYDV-PAV (Gen bankası Ulaşım No. MK732034) Mardin izolatının ve CYDV-RPV (Gen bankası Ulaşım No. MK732035) Mardin izolatlarının kılıf protein gen bölgelerinin tamımı, BYDV-RMV (Gen bankası Ulaşım No. MK955886) ve CYDV-RPV (Gen bankası Ulaşım No. MK940529) Mardin izolatların ise kılıf protein gen bölgeleri kısmi olarak klonlanıp DNA dizilemeleri gerçekleştirilmiştir.

In order to determine the Barley yellow dwarf virus (BYDV-PAV, BYDV-MAV, BYDV-SGV, BYDV-RMV and CYDV-RPV) in Mardin province, survey studies were conducted in wheat production areas in 2017. In this context, four hundred samples were collected in survey areas and tested by Multiplex RT-PCR and RT-PCR. According to the test results it was found that BYDV-PAV in 10 samples (2.5 %), BYDV-SGV in 7 samples (1.75 %), CYDV-RPV in 2 had (0.5 %), and BYDV-RMV in 1 (0.25 %). Seven of the positive isolates were found to be infected by BYDV-PAV + BYDV-SGV (1.75 %) and 1 of them had BYDV-PAV + CYDV-RPV (0.25 %) mixed infection. The overall infection rate of wheat viruses in Mardin province was found to be 3.0 %. None of the 400 wheat leaf samples tested had BYDV-MAV detected. In this study, BYDV-PAV, BYDV-SGV, BYDV-RMV and CYDV-RPV viruses were detected for the first time in Mardin province.A random isolate was selected from each detected virus to characterize the coat protein gene regions, which of complete for BYDV-PAV (Genbank accession no.MK732034) and CYDV-RPV (Genbank accession no.MK732035) viruses and partial for BYDV-SGV (Genbank accession no. MK940529) and BYDV-RMV (Genbank accession no. MK955886). The coat protein gene region of selected izolates were cloned and sequenced with the universal primers.