Ratlarda postmortem mRNA degradasyon düzeylerinin araştırılması ve postmortem interval tayinindeki yeri

Abstract

Amaç: Ölümden sonra geçen sürenin tahmini tüm olgularda önemlidir. Çeşitli yöntemlerin kullanıldığı postmortem interval tayini (PMI) tahmininde gelişen teknolojiyle birlikte moleküler yaklaşımlar öne çıkmaktadır. Bu çalışmada ölümden sonra 48. saate kadar RNA kalitesinde meydana gelen değişim ile PMI arasındaki ilişkinin araştırılması amaçlanmıştır.Yöntem: Wistar albino ratlarda ölümden sonra farklı sürelerde +4 °C'de bekletilen kalp ve iskelet kası dokularından RNA izolasyonu yapılmıştır. Elektroforetik olarak rRNA bant bütünlükleri değerlendirilmiş ve ACTB, PPIA, GAPDH, SRP-72 ve EMC-7 referans genlerinin mRNA ekspresyon seviyeleri RT-qPCR'da incelenmiştir.Bulgular: Total RNA, 28S ve 18S rRNA subunitlerinin 12., 24. ve 48. saat örneklerinde yıkımlanmaya başladığı görülmüştür. Kalp kasında mRNA yıkımlanmasına bağlı; 24. saatteki PPIA geni threshold cycle (Ct) değerleri ile 0., 6., ve 12. saatlerdeki değerler arasında anlamlı istatistiksel fark bulunmuştur (P<0,01). 24. saatteki ACTB geni Ct değerleri ile 0., 6., 12. ve 48. saatler arasındaki fark anlamlı bulunmuştur (P<0,001). GAPDH Ct değerleri; 0. saat ile 24. saat arasındaki farkın yanı sıra 6. saat ile 12., 24., ve 48. saatler arasındaki farkın anlamlı olduğu görülmüştür (P<0,001). SRP-72 Ct değerleri, 6. saat ile 24. ve 48. saatlerde elde edilen değerler arasındaki fark anlamlı bulunmuştur (P<0,05). EMC-7 gen ekspresyon seviyeleri bakımından saatler arasında anlamlı bir farklılık tespit edilememiştir. İskelet kasında ise mRNA yıkımlanmasına bağlı; PPIA, ACTB, GAPDH ve SRP-72 gen ekspresyonu seviyeleri incelendiğinde, saatler arasında anlamlı bir farklılık tespit edilememiştir.Sonuçlar: Yaş ve cinsiyet gibi birçok faktörün PMI tahmininde kullanılan yöntemlerin parametrelerini etkileyebileceği göz önünde bulundurulduğunda, bunlara ek olarak moleküler yöntemlerin kullanılmasıyla, PMI tahmini güvenilirliğini arttırmanın mümkün olabileceği anlaşılmıştır.Anahtar kelimeler: Postmortem interval tayini, mRNA yıkımlanması, Referans gen, Gen ekspresyonu

Aim: The estimation of the time since death is important in all cases. With developing technologies, molecular approaches come to the forefront in the estimation of PMI. The aim of this study was to investigate the relationship between change in RNA quality and PMI for up to 48 hours after death.Methods: In Wistar albino rats, RNA was isolated from cardiac and skeletal muscle tissues kept at +4 °C for different periods after death. Electrophoretic rRNA band integrity was evaluated and expression levels of ACTB, PPIA, GAPDH, SRP-72 ve EMC-7 genes were investigated in RT-qPCR.Results: Total RNA, 28S and 18S rRNA subunits began to degrade at 12th, 24th and 48th hour samples. In heart muscle, due to mRNA degradation, differences between threshold cycle (Ct) values of PPIA gene at 24th hour and 0th, 6th, 12th hours were statistically significant (P<0,01). For ACTB, the difference between 24th hour and others were significant(P<0,001). For GAPDH, the difference between 0th hour and 24th hour, as well as the difference between 6th and 12th, 24th, 48th hours was significant (P<0.001). For SRP-72, the difference between 6th hour and 24th, 48th hours were significant (P<0.05). For EMC-7, no significant difference was found between hours. When PPIA, ACTB, GAPDH and SRP-72 gene expression levels were examined, because of mRNA degradation no significant differences were found between hours in skeletal muscle.Conclusion: Given the fact that many factors, such as age and gender may affect method parameters used in PMI estimation, it is possible to increase the reliability of PMI estimation by adding molecular methods to these.Key words: Postmortem Interval, mRNA degradation, Reference gene, Gene expression.