Yerli kıl keçilerinde leptin gen polimorfizmi ve büyüme özellikleri ile ilişkisi

Abstract

Aydın ve Denizli illerinde, yetiştirici koşullarında bulunan yerli Kıl keçilerinde yapılan bu çalışmada, leptin geni bakımından var olan polimorfizmin tanımlanması ve oğlakların büyüme özellikleri bakımından genotipler arası farklılıkların ortaya konması amaçlanmıştır. Araştırmanın hayvan materyalini farklı işletmelerden örneklenen 155 baş oğlak oluşturmuştur. Doğumu takiben oğlakların gelişme özellikleri 5.5 aylık yaşa kadar izlenmiştir. Oğlaklardan 3.5 aylık yaşta alınan kan örneklerinden DNA elde edilmiştir. Ardından, leptin geninin Exon 1 bölgesindeki 412 bç uzunluğundaki kısım, bu diziye özgü primer çifti kullanılarak PCR tekniği ile çoğaltılmıştır. PCR ile çoğaltılan bölgedeki nükleotid polimorfizmini ortaya koymak için RFLP yöntemi uygulanarak PCR ürünleri NmuCI (Tsp45I) restriksiyon enzimi ile kesime tabi tutulmuştur. Enzim kesimi sonunda agaroz jel elektroforezi ile ayrıştırılan DNA bantlarından bireylerin genotipleri tespit edilmiştir. Ardından, genotip bilgileri ile oğlak gelişme özelliklerine ait fenotipik veriler istatistiki yöntemlerle analiz edilerek bulgular özetlenmiştir. İncelenen 155 bireylik örneklemde CC genotipine hiç rastlanmamış, 150 birey TT, kalan 5 birey ise TC genotipli olarak tespit edilmiştir. TT, TC ve CC genotiplerinin frekansları sırasıyla 0.967, 0.033 ve 0.000 bulunmuştur. T ve C allellerinin frekansları ise sırasıyla 0.984 ve 0.016 olarak hesaplanmıştır. Aydın ve Denizli illeri için genotip ve allel frekansları benzerlik sergilemiştir. İncelenen SNP bakımından Kıl Keçi populasyonunun Hardy-Weinberg dengesinde olduğu belirlenmiştir. İstatistiki olarak önemli çıkmasa da incelenen oğlak büyüme özelliklerinin tamamı (doğum ağırlığı, 3.5 ve 5.5 aylık yaştaki canlı ağırlıklar, iki farklı döneme ait OGCAA) bakımından TT genotipli bireylerin ortalaması TC genotipli bireylerden belirgin derecede yüksektir. Büyüme özellikleri bakımından TT genotipli bireylerin TC genotipli bireylere nispetle ortaya koyduğu yüksek performans bulgusu, çok daha geniş bir hayvan materyalinde leptin geninin tamamının DNA dizilemesine ve performansla ilişkilendirilmesine dayalı daha detaylı ek çalışmaların yapılmasını gerekli kılmaktadır.

In this study, it was aimed to identify the polymorphism of leptin gene and to determine whether there is a difference between genotypes in terms of growth characteristics of kids. The animal material of the study consisted of 155 kids sampled from different farms. The growth characteristics of the kids were observed from birth to 5.5 months of age. DNA was obtained from blood samples taken from kids at the age of 3.5 months. Subsequently, the 412 bp length region in the Exon 1 region of the leptin gene was amplified by PCR technique using the primer pair specific for that region. In order to reveal the nucleotide polymorphism in the region amplified by PCR, RFLP method was applied and PCR products were cut with NmuCI (Tsp45I) restriction enzyme. Genotypes of the individuals were determined from the band profiles obtained by separating the DNA fragments formed after enzyme cutting by agarose gel electrophoresis. Then, genotype and growth performance data of kids were analyzed by statistical methods and findings were summarized. In the sample of 155 individuals, no CC genotype was detected, 150 individuals were identified as TT and the remaining 5 individuals were identified as TC genotypes. The frequencies of TT, TC and CC genotypes were 0.967, 0.033 and 0.000, respectively. Allele frequencies for T and C were 0.984 and 0.016, respectively. Genotype and allele frequencies were similar for Aydın and Denizli provinces. In terms of the SNP examined, the Kıl goat population was found to be in Hardy-Weinberg equilibrium. Although not statistically significant, the average of TT genotypes was significantly higher than the TC genotypes in terms of all of the growth characteristics of the kids examined (birth weight, live weights at 3.5 and 5.5 months of age, average daily gain for two different periods). The high performance finding of TT genotypes relative to TC genotypes in terms of growth characteristics necessitates further detailed studies based on DNA sequencing of the entire leptin gene and its assosiations with growth data in a much larger animal material.