Keçiboynuzunda (Ceratonia siliqua L.) RAPD yöntemi ile cinsiyete bağlı moleküler belirteçlerin saptanması

Abstract

Moleküler belirteçler genomdaki bir gen bölgesi ya da gen bölgeleri ile ilişkili DNA parçalarıdır. Moleküler belirteçler, organizmaların karakterizasyonu ve ıslahında kullanılmaktadır. Bitkiler aleminde yaklaşık %5 dioik tür yer almaktadır. Keçiboynuzu hem dioik hem de hermafrodit çiçek formlarına sahip bir türdür. Gençlik kısırlığı periyodu uzun olan bu türün, cinsiyetinin erken safhada belirlenebilmesi ıslah çalışmalarında önemlidir. Bu çalışmanın amacı, RAPD yöntemi kullanılarak cinsiyet ile ilişkili belirteçlerin saptanmasıdır. Çalışmada, doğal olarak yetişen yaşlı bir dişi ve bir erkek keçiboynuzu ağaçları arasındaki doğal melezlenmeden elde edilen 10 genotipte yürütülmüştür. Toplam 12 keçiboynuzu bitkisinin yapraklarından DNA çıkartılmıştır. Her birisinden eşit miktarda DNA kullanılarak BSA yoluyla 5 dişi ve 5 erkek bitkiden dişi ve erkek küme oluşturulmuştur. Çalışmada 130 RAPD primeri test edilmiştir. Test edilen primerlerden 21 adedi dişi ve erkek kümeler arasında polimorfizm göstermiştir. Elde edilen polimorfizmin kalıcı olup olmadığı, kümeleri oluşturan bireylerde ve ebeveyninde tek tek analiz edilerek test edilmiştir. OPA17 RAPD primerinden elde edilen 750 bp büyüklüğündeki bant dişi ebeveyn, dişi küme ve dişi melezlerde gözlenmezken, erkek melezlerin % 80'ninde görülmüştür. Bu çalışma sonucunda keçiboynuzunda erkeklik ile % 80 ilişkili bir RAPD belirteci tespit edilmiştir. Anahtar Kelimeler: Harnup, eşey, moleküler belirteçler, BSA, PCR

Molecular markers are DNA fragments associated with any gene region or gene regions found in the genome. Molecular markers are used in the characterization and breeding of organisms. There are approximately 5% of dioiecious species in the plant kingdom. Carob is a species with both dioiecious and hermaphrodite flowers forms. The determination of gender at the early stage in this spieces, whose juvenilty period is long, is important in breeding studies. The aim of this study was to identify the gender-related markers using the RAPD method. In the study, 10 genotypes were obtained from natural hybrids between a naturally grown old female and a male carob tree. DNA was extracted from the leaves of 12 carob plants. Using BSA, the female and male bulks were formed from five female and five male plants, respectively, using equal amounts of DNA from each of them. In this study, 130 RAPD primers were tested. Twenty-one of the primers tested showed polymorphisms between male and female bulks. The persistence of the polymorphisms obtained was tested by analyzing the individuals in the bulks. While the marker of 750 bp from the OPA17 RAPD primer was not detected in the female parent, female bulk, and female hybrids, it was observed in the male hybrids. As a result of this study, one RAPD marker 80% related to male gender in carob was determined. Key Words: Carob, sex, molecular markers, RAPD, PCR