Doğu Karadeniz bölgesinde Cryphonectria parasitica populasyonunda vejetatif uyumsuzluk (vic) genlerinin dağılımının PCR ile belirlenmesi

Abstract

Son yıllarda Türkiye'de kestane kanseri etmeni Cryphonectria parasitica'nın vejetatif uyum gruplarının sayısında önemli artışların olduğu gözlemlenmektedir. Bu çalışma, vejetatif uyum grup çeşitliliğinin yüksek bulunduğu Doğu Karadeniz Bölgesinde C. parasitica'nın vc gruplarının, vejetatif uyumsuzluk (vic) genlerine ait moleküler belirteçler kullanılarak, PCR ile belirlenmesi amacıyla yürütülmüştür. Çalışmada, 20 adet arazi ve 30 adet tek askospor izolatının vic genotipleri, vic1, vic2 , vic3, vic4, vic6 ve vic7 gen bölgelerine ait spesifik primerler ile belirlenmiştir. Arazi izolatları arasında, EU-2, EU-3, EU-7, EU-8, EU-12, EU-17, EU-21, EU-22, EU-30 ve EU-55 olmak üzere, 11 vc grup, tek askospor izolatları arasında ise, EU-1, EU-2, EU-3, EU-5, EU-8, EU-11, EU-12, EU-17, EU-21, EU-22, EU-29, EU-35, EU-36, EU-51 ve EU-58 olmak üzere, 15 vc grup bulunmuştur. Ardından her bir izolat, ait olduğu vic genotipine ait Avrupa vc grup testerları ile klasik test olan besi yerinde eşleştirme testine tabi tutulmuştur. Arazi izolatlarından 15'i, tek askospor izolatlarından ise, 21'inde, PCR ile eşleştirme testlerinin sonuçları örtüşmüştür. Ancak 5 arazi ile 9 tek askospor izolatında, iki testin sonuçları örtüşmemiştir. Bu bulgular, 2 allelli 6 vic geni ile kontrol edildiği düşünülen C. parasitica'ya ait vejetatif uyumsuzluk sisteminde, başka vic geni veya allellerin var olduğu görüşünü kuvvetlendirmektedir. Vc grup tanısında kullanılan PCR testinin, eşleştirme testine göre, çok daha pratik ve hızlı sonuç vermesine rağmen, iki yöntem sonuçlarının her zaman tutarlı olmaması, vic genleri üzerinde daha çok çalışmaların yapılmasının gerekliliğini ortaya çıkarmıştır.

In recent years, it has been observed that the number of vegetative compatibility group of chestnut blight agent, Cryphonectria parasitica, increased significantly. The aim of this study was to determine vc groups of C. parasitica in the Eastern Black Sea Region, where vegetative compatibility group diversity was high, by using PCR with molecular markers being developed from 6 vegetative incompatibility loci. In this study, vic genotypes of 20 field and 30 single ascospore isolates were determined by using specific primers belonging to vic1, vic2, vic3, vic5, vic6 and vic7 gene regions. Among field isolates, 11 vc groups were identified as EU-2, EU-3, EU-7, EU-8, EU-12, EU-17, EU-21, EU-22, EU-30 and EU-55. Single ascospore isolates divided into 15 vc groups as EU-1, EU-2, EU-3, EU-5, EU-8, EU-11, EU-12, EU-17, EU-21, EU-22, EU-29. According to PCR genotyping each isolate was subjected to pairing in coculture testing with European vc group tester. In 15 of the field isolates and in 21 of the single ascospore isolates, there is good agreement between PCR and coculturing testing. But, in 5 field and 9 single ascospore isolates, there are disagreement between tests. These findings suggested that there is another vic genes or alleles related to vic genes in vegetative incompatibility system in C. parasitica which has been thought to be controlled by 6 vic genes with 2 alleles. Although PCR based assay is much more practical and faster than coculture test, the results of the two methods are not always consistent and it is necessary to make more studies on vic genes.