SNP moleküler işaretlerine dayalı havuç genetik haritasının geliştirilmesi

Abstract

Bu araştırmada, havuç bitkisinin Yeni Nesil Sekanslama ile DNA dizilemesi sonrası SNP moleküler işaretleyicilerinin belirlenmesi amaçlanmıştır. Araştırmada, 2 havuç ıslah hattının melezi sonucu oluşan F1 bitkisinin kendilenmesiyle 94 adet F2 bitkisi kullanılmıştır. Wisconsin Üniversitesi Biyoteknoloji Laboratuvarı'nda Illumina HiSeq 2000 sisteminde GBS yöntemi ile ApeKI enzimi kullanılarak üretilen her bir F2 bitkisine ait DNA parçaları STACKS bilgisayar yazılımı ile analiz edilmiştir. Analiz sonucunda oluşan genotipler Joinmap 4.0 programına aktarılarak Genetik Bağlantı Haritası oluşturulmuştur. 13 adet Bağlantı Grubu (LG) oluşturulmuş, sayıları 54 ve 215 arasında değişen toplam 1 464 adet SNP moleküler işaretleyicisi harita üzerine yerleştirilmiştir. Bağlantı gruplarının toplam uzunluğu 793,4 cM olarak belirlenmiştir. Haritanın bütünü ele alındığında moleküler işaretleyiciler arası maksimum mesafe 9,5 cM, her bir moleküler işaretleyici arasındaki ortalama mesafe 0,54 cM olarak belirlenmiştir. Havuç genomunda GBS yöntemi ile SNP keşfi açısından dünyada yapılan ikinci araştırma bu tez çalışması olmuştur. Yapılan bu harita ile önemli ekonomik karakterlerin belirlenmesi amacıyla yapılacak QTL çalışmalarına katkıda bulunulacaktır.

In the present research, we aimed SNP discovery via Next Generation DNA Sequencing Technology. In the study, 94 plants belonging to F2 were used because of the hybridization of the F1 plant, which is a cross-breeding line of the 2 carrot breeding lines. In the Illumina HiSeq 2000 system in the University of Wisconsin Biotechnology Laboratory, DNA fragments of each F2 plant produced by the GBS method using ApeKI enzyme were analyzed by STACKS computer software. The genotypes that result from the analysis were transferred to the Joinmap 4.0 program and Genetic Linkage Map was created. 13 Link Groups (LG) were created and a total of 1 464 SNP molecular markers ranging from 54 to 215 were placed on the map. The total length of the linking groups was determined as 793.4 cM. When the whole of the map is considered, the maximum distance between the molecular markers is 9.5 cM, and the average distance between each molecular marker is 0.54 cM. The second research on the carrot genome in the world for the discovery of SNP by the GBS method has been the work of this thesis. This map will contribute to QTL studies to determine important economic characteristics.