İnsuyu mağarasının bakteriyel biyoçeşitliliğinin, enzimatik ve antibiyotik direnç profillerinin belirlenmesi

Abstract

Bu tez çalışmasında İnsuyu Mağarası'nın bakteriyolojik çeşitliliği ve izolatların antibiyotik direnç profilleri kültür temelli yöntemler ve moleküler biyoloji yöntemleriyle belirlenmiştir. Çalışma kapsamında İnsuyu Mağarasının 15 farklı lokasyonundan aydınlık ve karanlık alanlardan örnekleme yapılmıştır. Örnekleme sonunda elde edilen 75 izolatın antibiyotik dirençliliği Minimum İnhibisyon Konsantrasyon (MİK) Testi ile belirlenmiştir. Minimum Inhibisyon Konsantrasyon (MIK) testi sonucunda 75 izolattan 64 sefpodoksim, 6 rifampisin ve gentamisin, 18 vankomisin, 15 ampisilin, 44 klindamisin, 48' inin penisilin antibiyotiklerine karşı en yüksek konsantrasyonda direnç gösterdiği tespit edilmiştir. Çoklu direnç gösteren 10 izolat ve duyarlı 3 izolat seçilerek 16S rRNA dizi analizi ile tür tayini yapılmıştır. Çoklu direnç gösteren Pseudomonas spp. (2G-2), Pseudomonas jesseni (2J), Sphingopyxis fribergensis (4D), Microbacterium yannicii (4M), Flavobacterium chungangense (6B), Rhodococcus spp. (7A), Flavobacterium resistens (9D), Pseudomonas spp. (K-4F), Pseudomonas spp.(K-4G), Buttiauxella agrestis (K-15A) ve duyarlılık gösteren Flavobacterium chungangense (K-1E), Rhodococcus erythropolis (K-11G) ve Pseudomonas spp (K-15G) suşlarında antibiyotik direnç genleri taranmıştır. Pseudomonas jesseni (2J) ve Pseudomonas spp. (K-4G)' de aminoglikozit 2''-O-nükleotiltransferaz (aadB), beta laktamaz (blaCTXM3, blaSHV, blaTEM), aminoglikozit direnç proteini (strA), rifampin ADP- ribosiltransferaz (arr2- int2a), vankomisin (vanC) olmak üzere 8 farklı gen bölgesi saptanmıştır.Anahtar Kelimeler: bakteriyal biyoçeşitlilik, insuyu mağarası, çoklu ilaç direnci, moleküler yöntemler

In this study, the bacteriological diversity of Insuyu Cave was determined by culture depended and molecular biology methods. Samples were taken from 15 different points in Insuyu Cave. Antibiotic resistance of 75 isolates was determined by the Minimum Inhibition Concentration (MIC) Test. As a result of Minimum Inhibition Concentration (MIC) test, 64 cefpodoxim, 6 rifampicin and gentamycin, 18 vancomycin, 15 ampicillin, 44 clindamycin, 48 penicillin resistant strains were detected. 10 multiple drug resistant and 3 susceptible strains were selected and identificated by 16S rRNA sequencing. Antibiotic resistant genes were investigated for both multiple drug resistantPseudomonas spp. (2G-2), Pseudomonas jesseni (2J), Sphingopyxis fribergensis (4D), Microbacterium yannicii (4M), Flavobacterium chungangense (6B), Rhodococcus spp. (7A), Flavobacterium resistens (9D), Pseudomonas spp. (K-4F), Pseudomonas spp. (K-4G), Buttiauxella agrestis (K-15A) and susceptible Flavobacterium chungangense (K-1E), Rhodococcus erythropolis (K-11G) , Pseudomonas spp (K-15G). AadB, BlaCTXM3, BlaSHV, BlaOXA1, BlaSHV, BlaSHV2, BlaTEM2, StrA and Arr2- int2a genes were detected in Pseudomonas jesseni (2J) and aadB, blaCTXM3, blaOXA1, blaSHV2, strA, strA', arr2-int2a and vanC genes were detected in Psudomonas spp (K-4G).Keywords: bacterial biodiversity, Insuyu cave, multiple drug resistance, molecular method