Show simple item record

dc.contributor.advisorWeber, Gerhard Wilhelm
dc.contributor.advisorKarasözen, Bülent
dc.contributor.authorTaştan, Mesut
dc.date.accessioned2020-12-10T09:07:38Z
dc.date.available2020-12-10T09:07:38Z
dc.date.submitted2005
dc.date.issued2018-08-06
dc.identifier.urihttps://acikbilim.yok.gov.tr/handle/20.500.12812/224031
dc.description.abstractÖz GEN MOTILERININ DİNAMİK SİSTEMLER VE KOMBİNATORİK BİR ALGORİTMA İLE ANALİZLERİN YAPILMASI VE GELECEK TAHMİNLERİ Mesut Taştan Yüksek Lisans, Bilimsel Hesaplama Bölümü Tez Yöneticisi: Prof. Dr. Gerhard Wilhelm Weber Eş Danışman: Prof. Dr. Bülent KARASÖZEN Ağustos 2005, 75 sayfa Gen motiflerinin modellenmesi ve buna dayali tahminler, hesaplamalı biyoloji ve biyoinformatik alanlarında çok önemli bir yer tutmaktadırlar. Gen aktivite değişimleri, mRNA değerlerinin mikrodizin teknolojisi sayesinde ölçülmesi ile anlaşılır. Deney verilerinin analizi için değişik matematiksel modeller geliştirilmiştir. Bu tezde, modelleme yaklaşımları incelenmiş ve gen motiflerinin değişimleri bayağı diferansiyel denklemler yardımı ile modellenmiş olup bunun sebepleri açıklanmıştır. Bu konuda daha önce yapılmış, sürekli modellere doğrusal olmayan yer değiştirme terimleri eklenerek yeni bir model geliştirilmiş ve Euler kesintileme metodu yerine Runga-Kutta metodu kullanılmıştır. Bunların yanında zaman kesintili modelin kararlılık analizi, genişletilmiş uzay içerisinde Brayton-Tong Algoritmasının değiştirilmiş hali ile yapılmıştır. Anahtar Kelimeler: Biyolojik Hesaplama, Gen Düzenleme Verisi, Matematiksel Modelleme, Dinamik Sistemler, Runga-Kutta Kesintilemesi, Kararlılık.
dc.description.abstractABSTRACT ANALYSIS AND PREDICTION OF GENE EXPRESSION PATTERNS BY DYNAMICAL SYSTEMS, AND BY A COMBINATORIAL ALGORITHM Mesut Taştan M.Sc, Department of Scientific Computing Supervisor: Prof. Dr. Gerhard Wilhelm WEBER Co-Advisor: Prof. Dr. Bülent KARASÖZEN August 2005, 75 pages Modeling and prediction of gene-expression patterns has an important place in computational biology and bioinformatics. The measure of gene expression is determined from the genomic analysis at the mRNA level by means of mi- croarray technologies. Thus, mRNA analysis informs us not only about genetic viewpoints of an organism but also about the dynamic changes in environment of that organism. Different mathematical methods have been developed for an alyzing experimental data. In this study, we discuss the modeling approaches and the reasons why we concentrate on models derived from differential equa tions and improve the pioneering works in this field by including affine terms on the right-hand side of the nonlinear differential equations and by using Runge- Kutta instead of Euler discretization, especially, with Heun's method. Here with, for stability analysis we apply modified Brayton and Tong algorithm to time-discrete dynamics in an extended space. Keywords: Computational Biology, Gene- Expression Data, Mathematical Mod eling, Prediction, Dynamical System, Runge-Kutta Discretization, Stability. IVen_US
dc.languageEnglish
dc.language.isoen
dc.rightsinfo:eu-repo/semantics/embargoedAccess
dc.rightsAttribution 4.0 United Statestr_TR
dc.rights.urihttps://creativecommons.org/licenses/by/4.0/
dc.subjectBilim ve Teknolojitr_TR
dc.subjectScience and Technologyen_US
dc.titleAnalysis and prediction of gene expression patterns by dynamical systems, and by a combinatorial algorithm
dc.title.alternativeGen motilerinin dinamik sistemler ve kombinatorik bir algoritma ile analizlerin yapılması ve gelecek tahminleri
dc.typemasterThesis
dc.date.updated2018-08-06
dc.contributor.departmentDiğer
dc.identifier.yokid188400
dc.publisher.instituteUygulamalı Matematik Enstitüsü
dc.publisher.universityORTA DOĞU TEKNİK ÜNİVERSİTESİ
dc.identifier.thesisid167342
dc.description.pages88
dc.publisher.disciplineDiğer


Files in this item

Thumbnail

This item appears in the following Collection(s)

Show simple item record

info:eu-repo/semantics/embargoedAccess
Except where otherwise noted, this item's license is described as info:eu-repo/semantics/embargoedAccess