Malatya bölgesi önemli biber ekiliş alanlarında görülen virüs hastalıklarının belirlenmesi ve moleküler olarak tanılanması

Abstract

Malatya ili Battalgazi ve Arapgir ilçelerinde yetiştirilen biber alanlarındaki Patates X virüsü (Potato virus X, PVX), Patates Y virüsü (Potato virus Y, PVY) ve Biber ılımlı benek virüs (Pepper mild mottle virus, PMMV)'lerinin saptanması ve moleküler teşhislerinin yapılması amacıyla 2016 ve 2017 yılllarında survey çalışmaları yürütülmüştür. Arazi çalışmalarında biberlerde virüs simptomlarına benzer kloroz, yaprak deformasyonu ve beneklenme gibi belirtiler gösteren ve göstermeyen toplam 140 biber örneğine internal kontrol primerleri kullanılarak RT-PCR testi uygulanmıştır. Yürütülen moleküler test çalışmaları sonucunda toplanan biber örneklerinde herhangi bir virüse rastlanılmamıştır. Çalışma kapsamında virüslerin moleküler yöntemler ile araştırılmasında pozitif kontrol olarak kullanılan iki PVY izolatının (PVY-1 ve 2) moleküler karakterizasyonu gerçekleştirilmiştir. Bu izolatların genomunda sırası ile PVY-1 için 359 bp, PVY-2 için ise 398 bp uzunluğundaki nükleotid dizileri tespit edilmiştir. DNA baz dizileri ile amino asit dizileri belirlenen PVY izolatlarınınMK833915 ve MK833916 erişim numaraları ile Gen Bankasına kayıtları yapılmıştır. Gen Bankasında yürütülen nükleotid dizisi karşılaştırma çalışmalarında PVY-1 ve PVY-2 izolatlarının en çok PVYNTN ırkı ile benzerlik gösterdiği tespit edilmiştir. Bilgisayar programı yardımı ile gerçekleştirilen filogenetik analiz çalışmaları sonucunda PVY-1 ve PVY-2 izolatlarının dünyadaki diğer izolatlar ile sırası ile %94 ve %95 oranında benzerlik gösterdiği tespit edilmiştir.

Surveys were carried out in 2016 and2017 in order to determine and molecularly characterize Potato virus X (PVX), Potato virus Y (PVY) and Pepper mild mottle virus (PMMV) in pepper fields of Battalgazi and Arapgir districts of Malatya. RT-PCR test was performed to 140 pepper samples showing virus-like symptoms such as chlorosis, leaf deformation and speckling. As a result of the molecular tests, no viruses have been found in collected pepper samples. In the study, molecular characterization of two PVY isolates (PVY-1 and 2), which were used as positive control in the investigation of viruses by molecular methods, was performed. In the genome of these isolates, the sequence of 359 bp for PVY-1 and 398 bp for PVY-2 were determined. Nucleotide and amino acid sequences of PVY isolates were recorded to Gene Bank with the accession numbers: MK833915 and MK833916. In comparison studies of the nucleotide sequences carried out in gene bank, it was determined that PVY-1 and PVY-2 isolates are the most identical with PVY-NTN strain. As a result of the phylogenetic analysis, carried out with the help of computer program, PVY-1 and PVY-2 isolates were exhibited a similarity of 94% and 95% with world isolates, respectively.