Bekletilerek eskitilmiş kan örneklerinde ırisplex sisteminin stabilitesinin incelenmesi

Abstract

Tek Nükleotit Polimorfizmleri (SNP) insan genomunda en fazla bulunan genetik işaretlerdir. SNP'lerin rutin adli genetik çalışmalarında yaygın olarak kullanılan mikrosatellitlere göre çok düşük mutasyon oranına sahip olması ve analiz edilen bölgenin kısa amplikonlar olması aşırı derecede bozulmuş DNA örneklerinden DNA profilinin belirlenmesini mümkün kılmaktadır (Carracedo A., Sánchez-Diz P, 2005). Kişilerin görülebilir karakteristik özelliklerinin DNA aracılığı ile anlaşılabilmesinin adli bilimlerde kullanımı artmakta ve gelecekte rutin tanıların arasına girmesi öngörülmektedir. Bu çalışmada, 5 yıl bekletilmiş kan lekelerinden izole edilen DNA ve 30 ve 60 dakika süre ile UV degredasyonuna uğratımış DNA örnekleri kullanılarak göz rengini yaklaşık %90 oranında belirleyebilen 6 SNP (rs12913832, rs1800407, rs12896399, rs16891982, rs1393350, rs12203592) ile kişilerin göz rengi analiz edilmiştir. Göz rengi tahmininde, https://hirisplex.erasmusmc.nl/ sitesindeki multinominal lojistik regresyon model istatistiğine dayanan IRISPLEX Sistemi kullanılmıştır. Çalışmada gerekli izin ve bilgilendirilmiş onam formu onayları alınan, aralarında akrabalık ilişkisi bulunmayan 10 kişiden ağız içi sürüntü ve kan örnekleri toplanmıştır. Bütün SNP markırları primer uzama temeline dayanan minisekanslama reaksiyonu ile belirlenmiştir. Reaksiyonun gerçekleşmesinde gerekli olan floresans deteksiyonu için SNaPshotTM Multiplex Kit kullanılmıştır. IRISPLEX analizi sonuçlarına göre; 5 yıl bekletilmiş ve degredasyona uğramış 10 örnekten 4'ünde alel ve lokus kaybı gözlemlenmiştir. UV degredasyonuna uğratılmış 5 örneğin 2'sinde alel kaybı gözlemlenmiştir. Diğer örneklerde herhangi bir alel ve lokus kaybı olmamıştır,kişilerin genotip sonuçları ile göz renkleri başarıyla tahmin edilmiştir. Yapılan araştırma, yapay olarak degrade edilmiş DNA örneklerinden yüksek oranda doğru bir şekilde göz rengi tahmin edilebileceğini göstermiştir.Anahtar Kelimeler: Adli Genetik, Adli Bilimler, SNP, Göz rengi, IRISPLEX

Single nucleotide polymorphisms (SNPs) are the most present genetic markers in the human genome. The short SNP amplicon sizes are particularly useful for analysis of DNA from extremely degraded biological samples. (SNPs) can be used in the field of forensics for predicting the externally visible characteristics of a given individual based on a sample of DNA alone. This is a potentially useful tool to guide criminal investigations. In this study we tested artificially degraded DNA samples to determine accuracy of the prediction of the eye color with IRISPLEX system; a SNaPshotTM based multiplex assay based on 6 SNPs (rs12913832, rs1800407, rs12896399, rs16891982, rs1393350, rs12203592). We used 5 years old degraded blood stains and UV degraded DNA samples (30 min to 1 hour). PCR and electrophoresis conditions were applied according to the protocol recommended by Walsh et al. (2011). Multinomial logistic regression model statistics used for eye color prediction, by using statistical approach's online portal (https://hirisplex.erasmusmc.nl/). However, alele and locus drop-out were observed 4 out of 10 in 5 years old degraded DNA samples. Of the 5 samples subjected to UV degradation, aleles were drop-out in only 2 samples. The correct calculation could not be performed in 2 of 4 samples with drop-out of alele and locus in IRISPLEX system. The rest of the the IRISPLEX analysis was successfully estimated for blue and brown eye colors. This preliminary study showed that the prediction of the eye color is highly accurate in the artificially degraded DNA samples.Key Words : Forensic Genetics, Forensic Science, SNP, Eye color , IRISPLEX