Identification of gene targets of transcription factor NeuroD2
- Global styles
- Apa
- Bibtex
- Chicago Fullnote
- Help
Abstract
Bir organizmanın hayatta kalabilmesi için, etrafını gözlemleyebilmesi ve herhangi bir tehlikeye karşı bir davranış geliştirebilmesi temeldir. Sinir sistemi bilgi toplanması ve kaç ya da savaş cevabını oluşturması için merkezi rol oynamaktadır. Yüksek organizmalarda, beyin bu organizmanın merkezidir. Beynin eşsiz karışıklığının sebebi çok fazla hücre tipinin olması ve bu hücrelerin birbirleri arasındaki iletişimleridir. Bu karışıklık bizim öğrenmemizi, hatırlamamızı ve en basit hareketleri yapmamızı sağlamaktadır.Sinir sisteminin gelişimi, birçok transkripsiyon faktörünün kontrolü altındadır. Bazik sarmal-ilmek-sarmal transkripsiyon faktörleri bunlar içerisindeki en büyüğüdür. Nöron Farklılaştırma faktörü 2 (NeuroD2), bazik sarmal-ilmik-sarmal transkripsiyon faktör ailesine ait nörojenez için anahtar oyuncudur.Transkripsiyon faktörlerinin direkt hedef genlerinin genom kapsamlı belirlenmesi gen yönetme ağının karışıklığına geniş kapsamlı bakış açısı sunmaktadır. Her ne kadar NeuroD2 nörojenez için önemli bir transkripsiyon faktörü olsa da direkt hedef genleri genom bazında çok az bilinmektedir.Kromatin immunopresipitasyonu takiben sekanslama, transkripsiyon faktörlerinin genom bazında belirlenmesi için güçlü bir yöntemdir. Bu çalışmada, doğar doğmaz alınan farelerin beyin serebral kortikal düzlem dokusunda bazik sarmal-ilmik-sarmal transkripsiyon faktörü NeuroD2'nin genom bazında direkt hedef genleri kromatin immunopresipitasyonu takiben yüksek verimli sekanslama ile fizyolojik koşullar altında belirlenmiştir. For an organism to examine its environment and develop a behavior is fundamental for its survival. Nervous system plays a central role to gather information and to create a response for fight or flight. In higher organisms, brain is the core of this system. It has unique complexity due to numerous cell types and their communications among themselves. This complexity enables us to learn, to remember, and to perform the simplest movements.Development of nervous system is under the control of various transcription factors, basic helix-loop-helix transcription factors constituting the biggest family among them. Neurogenic Differentiation factor 2 (NeuroD2) belonging to basic helix-loop-helix transcription factor family has been characterized as a key player in neurogenesis. Genome-wide identification of direct target gene of transcription factors gives comprehensive insight to complexity of gene regulatory network. Although NeuroD2 emerges as an important transcription factor in neurogenesis, its genome-wide target genes are poorly understood. Chromatin immunoprecipitation followed by sequencing (ChIP-Seq) is one of the powerful tools to investigate transcription factor binding profiles genome-wide. In this study, I have identified the direct target genes of basic helix-loop-helix transcription factor, NeuroD2 by performing ChIP experiment followed by high throughput sequencing in postnatal cerebral cortical tissues from mice under physiological conditions.
Collections