Doğu Akdeniz bölgesinde mevcut prunus necrotic ringspot virüsünün (PNRSV) saptanması ve tanılanması

Abstract

Prunus Necrotic Ringspot Virus (PNRSV), kültüre alınmış sert çekirdekli türlerin çoğunu değişen derecelerde infekte ederek ciddi hastalıklara neden olmaktadır. Virüsün aşı, polen ve tohumla taşındığı bilinmektedir. Etmen, fidanlıklarda ciddi hastalıklara neden olabilirken ağaçların düşük standartlarda ve yavaş gelişmesine de neden olmaktadır. Bu çalışmada prufikasyon, elektron mikroskopi, serolojik ve moleküler karakterizasyon yöntemleri Doğu Akdeniz Bölgesi PNRSV izolatlannın saptanması ve tanılanması için kullanılmıştır. Arazi survey çalışmalarından seçilen örnekler ELISA ile testlenmiş ve infekteli olarak saptanan bitkiler, izolatların odunsu ve otsu bitkilere taşınmasında inokulum kaynağı olarak kullanılmıştır. Bu şekilde biyolojik indeksleme ve mekanik inokulasyon çalışmaları gerçekleştirilmiştir. PNRSV'nin kirazdan purifikasyonu fenolik bileşiklerden dolayı yeterli saflıkta başanlamamıştır. PNRSV'nin daha kesin olarak saptanması için moleküler teknikler kullanılmıştır. Bu amaçla Reverse Transcriptase Polymerase Chain Reaction (RT-PCR) çalışması infekteli bitkilerden elde edilen total RNA'lann sulandırılarak ve sulandırılmadan kullanılması yolu ile gerçekleştirilmiştir. DNA bandları agaroz jelin ethidium bromide solüsyonunda boyanması ile elde edilmiştir. Anahtar kelimeler: PNRSV, ELISA, Biyolojik Karakterizasyon, Moleküler Tanılama

Prunus Necrotic Ring Spot Virus (PNRSV) infects and causes serious diseases in varying degrees in many of cultivated stone fruit species. The virus is known to be transmissible through grafting and also by pollen and seeds. The agent can cause serious diseases in nurseries, where it cause poor standards and reduced tree growth. In this study purification, electron microscopy, serological and molecular characterization aspects have been studied for the detection and identification of Eastern Mediterranean PNRSV isolates. The samples collected by field survey have been tested by ELISA and the infected plants were used as inoculum for the transmission of the isolates to the woody and herbaceous indicator plants by means of biological indexing and mechanical inoculations. The purification of PNRSV was not successful from cherry due to presence of phenolic compounds. Sensitive detection of PNRSV was done by means of molecular detection technique. For this purpose reverse transcriptase polymerase chain reaction (RT-PCR) was performed for the diluted and undiluted total RNA of infected samples and the DNA bands were observed by staining agarose jel in ethidium bromide solution. Key words: PNRSV, ELISA, Biological Characterization, Moleculer Identification