Hamsi Balığı (Engraulis encrasicolus L., 1758)`nın genom düzeyinde doku spesifik transkriptom analizi

Abstract

Ülkemiz denizlerinde sürü oluşturan hamsi balığı, ekonomik ve ekolojik potansiyeli yüksek bir balık türüdür. Hamsi balığının ekolojik ve ekonomik açıdan önemi, yüksek üreme kapasitesi ve bununla paralel olarak populasyonları oluşturan birey sayısının fazla olmasından ileri gelmektedir. Çalışmamızda, hamsi balığının genom düzeyinde transkriptom profili Illumina HiSeq 2000 dizileme teknolojisi ortaya konulmuştur. Dizileme reaksiyonu sonucunda ~ 574 milyon temiz okuma elde edilmiş ve de novo inşaa yöntemleri ile 66,539 adet özgün transkript seti oluşturulmuştur. Biyoinformatik analizle hamsi balığının somatik doku (kas, karaciğer ve böbrek) ve juvenil bireye ait transkriptom seti, gonadal (testis ve ovaryum) transkriptom seti ile karşılaştırılmıştır. Analiz sonucunda, sırasıyla ovaryum ve testiste işlev gören; (i) 199 ve 325 protein dizisi, (ii) 62 ve 61 GO terimi, (iii) 46 ve 99 KEGG ortoloji terimi, (iv) 23 ve 27 transkriptsiyon faktörü belirlenmiştir. Ovaryum ve testis dokusu arasında 16,664 transkriptin ifadesinde (p<0.001) anlamlı değişim saptanmıştır. İfadesi en çok değişim gösteren transkriptler arasından, 12 transkriptin ifadesi gerçek zamanlı PCR ile doğrulanmıştır. Sonuç olarak, hamsi balığına ait konsensüs ve gonadal transkriptomik veri seti hamsi balığının yüksek üreme kapasitesine ilişkin önemli veri sunacaktır.

Anchovy found in a large school of the ountry's seas is a fish species having a high economic and ecological potential. The significance of anchovies in terms of economic and ecological arised from their high reproduction capacity and in parallel with the number of individuals constituting populations. In our study, the genome-wide transcriptome profile of anchovy was determined using Illumina HiSeq 2000 sequencing technology. As a result of sequencing, ~ 574 million clean reads obtained and 66,539 unique transcript set was constructed using de novo transcriptome methods. With bioinformatic analysis, the transcriptomic sets of anchovy's somatic tissue (muscle, live and kidney) and juveniles were compared to gonadal (testis and ovary) transcriptomic sets. After analysis, (i) 199 and 325 protein sequences, (ii) 62 and 61 GO terms, (iii) 46 and 99 KEGG ontology terms and (iv) 23 and 27 transcription factors were determined in ovary and testis, respectively. A significant differences (p<0.001) was found in the expression levels of 16,664 transcripts between ovary and testis. Among most differentially expressed transcripts, the expressions of 12 transcripts were verified using qPCR. In conclusion, anchovy consensus and gonadal transcriptomic data sets will provide an important understanding about anchovy's high reproduction capacity.