Over kanseri tümörlerinde farklılaşmış miRNA`ların valıdasyonu

Abstract

Over kanseri gelişmekte olan toplumlarda en ölümcül beşinci kanser türüdür. Over kanseri çeşitlerinin %90'nından fazlası epitelyal histolojiye sahiptir ve epitelyal over kanseri olarak adlandırılır. Over kanserinde sağkalım için erken teşhis önem teşkil etmektedir. 5 yıllık sağ kalım oranı erken evrede teşhis edildiğinde %90'lara ulaşmaktadır. Over kanserinin semptomlarının hafifliğinden, özgüllüğü ve hassasiyeti yüksek bir biyobelirteç eksikliğinden dolayı erken evrede teşhis koyulamamaktadır. MikroRNA'lar küçük kodlayıcı olmayan RNA ailesidir ve karsinogenez de dahil olmak üzere çok çeşitli biyolojik süreçleri düzenlemede etkilidir. Yapılan araştırmalar sonucunda over kanserinin oluşması ve ilerlemesinde mikroRNA anlatımlarının değişmesinin önemli bir katkısı olduğu vurgulanmıştır. Geniş çaplı genom analizi ile mikroRNA'ların over kanseri de dahil olmak üzere çoğu kanserde anlatımlarının değiştiği bulunmuş ve etkili bir biyobelirteç olabileceği düşünülmektedir. Tez kapsamında, aynı yaş aralığında olan epitelyal over kanseri olan 10 hastadan doku örnekleri ve kontrol grubu olarak 10 bireyden over kisti doku örnekleri toplanmış ve daha önceden mikrodizilim yöntemi ile anlatımlarının farklılaştığı tespit edilen 3 mikroRNA'nın (hsa-mir-200c-3p, hsa-mir-4665-3p ve hsa-mir-6737-3p) Real-Time PCR yöntemi ile validasyonu yapılmıştır. Mikrodizilim yönteminin sonuçlarına göre bu 3 mikroRNA'nın epitelyal over kanseri dokularında anlatımlarının arttığı tespit edilmiştir. Hsa-mir-200c-3p, hsa-mir-4665-3p ve hsa-mir-6737-3p'nin Real-Time PCR yöntemi ile validasyonu yapılıp elde edilen Ct değerlerinin `Wilcoxon test` ile biyoinformatik analizleri yapılmıştır. `Pathway studio`, `DIANA TOOLS` ve `TargetScan` veri tabanları ile aday 3 mikroRNA'nin over kanserinde hedeflediği genler tespit edilmiştir. Hsa-mir-200c-3p'nin (p=0.0273, AUC=0.83) anlatımının epitelyal over kanseri doku örneklerinde anlamlı bir şekilde arttığı bulunmuştur. Hsa-mir-4665-3p (p=0.13, AUC=0.83) ve hsa-mir-6737-3p'nin (p=0.8457, AUC=0.50) anlatım artışlarının anlamlı olmadığı tespit edilmiştir.

Ovarian cancer is the fifth most fatal cancer type in developing populations. 90% of ovarian cancer varieties have epithelial histology and they are called epithelial ovarian cancer. Early diagnosis is important for survival in ovarian cancer. 5-year survival rate reaches 90% when it is diagnosed at an early stage. Early diagnosis cannot be diagnosed due to the mild symptoms of ovarian cancer and a lack of biomarker with high specificity and sensitivity. MicroRNAs are small non-coding RNA families and are effective in regulating a wide range of biological processes including carcinogenesis. As a result of the researches, it has been emphasized that the change of microRNA expressions is an important contribution to the development and progression of ovarian cancer. With the whole wide genomic analysis, microRNAs have been found to change their expression in many cancers, including ovarian cancer and it is emphasized that microRNAs may be an effective biomarker.In the thesis, tissue samples were collected from 10 patients with epithelial ovarian cancer in the same age range and ovarian cyst tissue samples were collected from 10 individuals as control group and 3 microRNAs (hsa-mir-200c-3p, hsa-mir-4665-3p and hsa-mir-6737-3p) that were previously determined and differentiation of their expression by microarray method were validated by Real-Time PCR method. According to the results of the microarray method, these 3 microRNAs were found to be increased in the epithelial ovarian cancer tissues. Hsa-mir-200c-3p, hsa-mir-4665-3p and hsa-mir-6737-3p were validated by Real-Time PCR method, bioinformatic analysis of obtained Ct values were done by `Wilcoxon test`. The genes targeted in ovarian cancer were determined by using `Pathway studio`, `DIANA TOOLS` and `TargetScan` databases. The expression of hsa-mir-200c-3p (p=0.0273, AUC=0.83) was found to be significantly increased in epithelial ovarian cancer tissue samples. Increase of hsa-mir-4665-3p (p=0.13, AUC=0.83) and hsa-mir-6737-3p's (p=0.8457, AUC=0.50) expression were not significant.