Genital mycoplasma`ların tanısında kültür ve polimeraz zincir reaksiyon (PCR)`nun karşılaştırılması

Abstract

GENITAL MYCOPLASMA'LARIN TANISINDA KÜLTÜR VE POLİMERAZ ZİNCİR REAKSİYONU (PCR)'NUN KARŞILAŞTIRILMASI ÖZET Kadınların genitoüriner sistem (GÜS) enfeksiyonlarında M.hominis'in insidansını kültürde izolasyon ve Polimeraz zincir reaksiyonu (PCR) yöntemlerini kullanarak tesbit etmek amacıyla planlanan bu çalışmada, 100 servikovajinal sürüntü (SVS) örneğiyle 100 tüm idrar örneği değerlendirildi. Servikovajinal sürüntü örneklerinden 26(%26)'sı ile tamamı bu kadınlara ait olan tüm idrar örneklerinin 11(%11)'inde %20 at serumlu, maya ekstraktlı beyin kalb infüzyon buyyon ve noble agar ilaveli selektif besiyerinde M.homînis izole edildi. Servikovajinal örnekler, Mycoplasma'lar için genus spesifik MCGpFII, R23-1R, R16-2 ve MCGR21 primerlerinin kullanıldığı bir nested PCR protokolüyle de değerlendirildi. Örneklerin 37(%37)'sinde M.homînis, 3(%3)'ünde û& M.fermentans hedef genomuyla uyumlu büyüklükte olmak üzere 40(%40) örnekte Mycoplasma'lar için spesifik hedef genomik dizilerinin varlığı tesbit edildi. M.fermentans ile uyumlu büyüklükte genomik DNA tesbit edilen örnekleri doğrulamak amacıyla bu örnekler, RW004 ve RW005 spesifik primerlerinin kullanıldığı ikinci bir PCR yöntemi ile yeniden amplifiye edildi ve 3 örnek PCR ile de pozitif bulundu. M.homînis olarak değerlendirilen 37 amplikon ise restriksiyon polimorfizmi yönünden Vsp/ile kesildi. Bu örneklerin tamamında, M.hominis ile uyumlu 1 23 ve 1 1 3 bp uzunluğunda DNA parçalarının varlığı tesbit edildi. Sonuç olarak bölgemizde genital enfeksiyonu olan kadınlarda M.hominis (%37)'in yanı sıra M.fermentans (%3)'ında etyolojiyle ilişkili olabileceği, bu mikroorganizmaların tanısında kültürde izolasyonun yüksek spesifite (%100) göstermesine karşılık PCR'a göre daha düşük sensitivite (%70,3) gösterdiği ve geç sonuç verdiği, ayrıca genus spesifik primerler ile yapılan amplîfikasyonun %100 identik ve sensitif, PCR'ın kolay uygulanabilir değerli bir tanı metodu olduğu görüldü. Anahtar sözcükler: Mycoplasma hominis. Mycoplasma fermentans, PCR, DNA, Restriksiyon Endonükleaz

ABSTRACT THE COMPARISON OF PCR AND CULTIVATION ON THE DIAGNOSIS OF GENITAL MYCOPLASMAS In this study, in order to determine the incidence of M.hominis in women genitourinary system by cultivation and PCR, 100 genital swabs and urine samples obtained from women with genitourinary system infection were investigated. M.hominis strains were isolated from 26(26%) genital swabs and 11 (11%) urine samples by using of a selective mycoplasma isolation media, which is containing 20% inactivated horse serum, yeast extract, brain heart infusion broth and noble agar. The genital swab samples were also analyzed by a nested PCR protocol with genus specific MCGpFII, R23-TR, R16-2 and MCGR21 primers. Totally 40 samples were found positive for Mycoplasmas which were consisting of target genomic sequences of M.hominis and M.fermentans in 37(37%) and 3(3%) samples respectively. Another PCR protocol was performed in order to confirm the samples which have compatible target sequences for M.fermentans by using of RW004-RW005 specific primers and 3 samples were found positive by second PCR. All of 37 amplicons were also digested and analyzed for restriction polymorphism with Vspl two DNA fragments were detected which are 123 and 1 13 bp compatible for M.hominis in tested samples. In conclusion, we found that there could be an association with M.hominis (37%) and women with genital infection, additionally with M.fermentans (3%) and although the high specif ity (100%) of cultivation, it has a low sensitivity (70.3%) and time consuming when compared with PCR, and PCR is an identic, sensitive and easy applicable protocol when genus specific primers used for the diagnosis of Mycoplasmas. Key words: Mycoplasma hominis. Mycoplasma fermentans. PCR, DNA, Restriction Endonuclease