Türkiye`de yetiştirilen bazı sığır ırklarında akirin 2 gen polimorfizminin PCR-RFLP yöntemi ile belirlenmesi

Abstract

Bu tez çalışmasında Türkiye'de yetiştirilen beş sığır ırkında (Simental, İsviçre Esmeri, Holstein, Boz Irk ve Doğu Anadolu Kırmızısı) Akirin 2 geninde bulunan c.*188G>A tek nokta polimorfizminin (SNP) PCR-RFLP yöntemi ile belirlenmesi amaçlanmıştır. Projenin materyalini, Simental (SİM) 75 baş (dişi ve erkek), İsviçre Esmeri (ES) 75 baş (dişi ve erkek), Holştayn (HL) 100 baş (dişi ve erkek) ve Türkiye yerli sığır ırklarından Doğu Anadolu Kırmızısı (DAK) 40 baş (dişi ve erkek)ve Boz Irk (BI) 40 baş (dişi ve erkek) sığırlar oluşturmuştur Akirin 2 allellerinin belirlenmesinde uygulanan PCR işlemini takiben elde edilen PCR ürünleri FoKI endonükleaz enzimi ile kesilmiştir. Akirin 2 geni için incelenen ırklarda en yüksek AA genotip frekansı (%7,11) SİM ırkında, en yüksek GG genotip frekansı (%85,56) DAK ırkında ve en yüksek GA genotip frekansı (%39,11) ise SİM ırkında görülmüştür. İncelenen ırklardan DAK ırkında G allel frekansı (0,93) yükselirken, en yüksek A allel frekansı (0,27) ise SİM ırkında bulunmuştur. Çalışma sonunda incelenen ırkların Akirin 2 lokusu yönünden Hardy-Weinberg dengesinde olduğu görülmüştür. Anahtar Kelimeler: Akirin 2; Genetik belirteç; RFLP; Sığır.

In this thesis, five cattle breeds reared in Turkey (Simmental, Brown Swiss, Holstein, Turkish Gray and East Anatolian Red,) Akirin 2 gene in single point polymorphisms (SNPs) that is intended to be detected by PCR - RFLP. Project material, Simmental (SIM) 75 head (male and female), Brown Switzerland (ES) 75 head (male and female), Holstein (HL) 100 head (male and female) and Turkey Eastern Anatolian Red (EAR) indigenous cattle breeds 40 heads (male and female) and Turkish Gray (TG) 40 head (male and female) were create cattle. In order to determine the Akirin 2 alleles in PCR products, the PCR products were digested with FoKI endonuclease enzyme. The AA genotypic frequency was found the highest in the SIM breed (7.11%); the GG genotypic frequency was found the highest in the DAK breed (85.56%) and the AG genotypic frequency was found the highest in the SIM breed (39.11 %) in Akirin 2 gene. In this study, the G allele frequency was found the highest in the DAK cattle breed (0.93). But, the A allele frequency was found the highest in the SIM cattle breed (0.27). End of the study, Hardy-Weinberg equilibrium was in Akirin 2 gene in examined all three breeds. Key World: Akirin 2; Cattle; Genetic marker; RFLP.