Siirt yöresi Trabzon hurmalarının (Diospyrus kaki L. ) genetik akrabalıklarının tanımlanması

Abstract

Bu çalışmada Siirt yöresinde yetişen Trabzon hurması genotiplerinin ITS (Internal transcribed spacer) ve kloroplast DNA'sının trnL-F bölgesine dayalı moleküler karakterizasyonu yapılmıştır. Mesafe temelli yöntemlerden Neighboor joining (NJ) ve Unweighted Pair Group Method with Arithmatic Mean (UPGMA) yöntemleri kullanılarak oluşturulan filogenetik ağaçlar dış grup dahil olmak üzere her iki bölge için de toplam 3 grup oluşturmuştur. ITS bölgesi göz önünde bulundurulduğunda kullanılan yöntem fark etmeksizin elde edilen filogenetik ağaçlar birebir benzerlik göstermektedir. Her iki yöntemde de 9 nolu genotip tek başına bir grup oluştururken diğer genotipler kendi içinde ayrı bir grup oluşturmuşlardır. trnL-F bölgesi kullanılarak oluşturulan filogenetik ağaçlar incelendiğinde oluşan gruplar birbirinden farklılık göstermektedir. Sonuç olarak, en azından çalışmamızda kullandığımız örnekler için ITS bölgesinin daha bilgilendiricidir ve bu bölgeye ait filogenetik ağaçlarda ayrı bir grup oluşturan 9 nolu genotip detaylı şekilde incelenmelidir.

In this study, molecular characterization of Persimmon genotypes grown in Siirt region was assessed based on ITS (Internal transcribed spacer) and chloroplast DNA trnL-F region. The phylogenetic trees constructed by using distance based methods Neighboor joining (NJ) and Unweighted Pair Group Method with Arithmatic Mean (UPGMA) methods consisted of 3 groups for both regions including the out group. Regarding the ITS region, the phylogenetic trees obtained regardless of the method used are identical. In both methods, genotype 9 formed a single group while other genotypes formed a separate group. When the phylogenetic trees formed using trnL-F region are examined, the groups formed differ from each other. As a result, at least for the samples we used in our study, the ITS region is more informative and genotype 9, which forms a separate group in the phylogenetic trees of this region, should be examined in detail.