Samsun ve Giresun illerinden alınan su örneklerinde giardia intestinalis`in moleküler teknikler kullanılarak tespit edilmesi

Abstract

Bu çalışmada, 2012, 2013 sonbahar; 2013, 2014 ilkbahar aylarında Giresun ve Samsun illerinde belirlenen toplam 45 istasyondan 420 çevresel, 120 içme suyu örneği alınmıştır. Alınan su örneklerinden DNA izole edilerek Nested PZR ile 18S rRNA geni, Semi Nested PZR ile GDH hedef geni ve İlmiğe Dayalı İzotermal Amplifikasyon (LAMP) metotlarıyla G.intestinalis'in varlığı araştırılmıştır. Kullanılan üç metotla, Samsun ve Giresun illerinden alınan içme suyu örneklerinin hiç birinde Giardia DNA'sına rastlanılmamıştır. Samsun il ve ilçelerinden alınan 240 çevresel su örneğinin 141'i (%58.7) LAMP yöntemi ile, 125'i (%52.1) Nested PZR yöntemiyle, 120'si (%50) Semi Nested PZR yöntemi ile pozitif bulunmuştur. Giresun il ve ilçelerinden alınan 180 çevresel su örneğinde LAMP yöntemiyle 55 (%30.5), Nested PZR ile 50 (%27.8), Semi Nested PZR yöntemiyle 47 (%26.1) Giardia DNA'sı tespit edilmiştir.Semi Nested PZR yöntemiyle pozitif olan örnekler PCR-RFLP tekniği kullanılarak N1aIV restrüksiyon enzimiyle kesilmiştir. Elde edilen kesim ürünleri değerlendirildiğinde tüm pozitif örneklerin Giardia altgrup BIII ve BIV olduğu gözlenmiştir. 18S rRNA gen bölgesinin çoğaltıldığı PCR ürünlerinden 25 örneğin sekansı alınmıştır.Samsun ve Giresun il sınırlarında yer alan çevresel ve içme suyu kaynaklarında su kökenli protozoonlar ile ilgili çalışmalar yok denecek kadar azdır. Bu tez çalışmasıyla araştırma alanında su kirliliğine neden olan su kökenli protozoon G. intestinalis'in tespiti uluslararası kabul görmüş moleküler tekniklerle sağlanmıştır. Gerek bölgedeki halk sağlığı için tehlikeli protozoonun varlığının tespitiyle halk sağlığını korumaya yönelik temel bir çalışma olması gerekse yapılacak diğer çalışmalar için kaynak oluşturması bu çalışmanın önemini vurgulamaktadır.

Thirty-one environmental water and 25 drinking water samples were collected from Ordu In this study, 420 environmental samples and 120 drinking water samples were collected from a total of 45 stations of Samsun and Giresun Provinces in the period of 2012, 2013 fall and 2013,2014 spring. DNA isolated from water samples were investigated by Nested PCR for 18S rRNA gene and Semi Nested PCR for GDH target gene and Loop mediated isothermal amplification (LAMP). There are not any Giardia's DNA by this three methods was found in drinking water samples collected from Samsun and Giresun Provinces. One hundred fourty one (%58.7), 125 (%52.1) and 120 (%50) of 240 environmental samples has been found positive by LAMP, Nested PCR and Semi Nested PCR, respectively in the province of Samsun. Fifty five (%30.5), 50 (%27.8), 47 (%26.1) of 180 environmental samples were positive by LAMP, Nested PCR and Semi Nested PCR, respectively in the province of Giresun.The samples of which are positive by Semi Nested PCR has been cut with N1aIV restriction enzyme by using PCR-RFLP method. When the resulting of cut products evaluated, all positive samples have been observed as BIII and BIV of Giardia subgroups. The sequence of twenty five samples which are 18S rRNA gene PCR products has been obtained.There are a few study about water-borne protozoans in environmental and drinking water resources of Samsun and Giresun Province. The water-borne protozoan G.intestinalis which are causes of water pollution in the investigated region were determined by the internationally accepted molecular techniques in this thesis research. The importance of this study was to establish both a basic work for protecting public health by detecting the presence of the dangerous protozoan in the investigated area and the source for other next studies.