Agaroz jel elektroforezinde DNA görüntüleme için etidyum bromüre alterbatif boyaların incelenmesi

Abstract

Etidyum bromür (EtBr), DNA ve PZR ürünlerinin agaroz jel elektroforezinde görüntülenmesinde yaygın olarak kullanılan temel bir jel boyasıdır. Ancak çevre ve sağlık açısından kanserojen ve mutajenik etkilerinden dolayı farklı alternatif boyalar araştırılmaktadır.Bu çalışmada Etidyum bromür boyasına alternatif olarak elektroforez jellerinin boyanmasında altı farklı boyanın kullanımının araştırılması ve EtBr ile karşılaştırılması amaçlanmıştır. Bu amaçla; SYBR® Safe, SYBR® Green I, GelRed™, Metilen Blue ve Kristal Viyole boyaları kullanılmış ve bu boyaların bitki DNA'sı ve PZR ürünlerinde boyama etkinliğine bakılmıştır. Ayrıca, görünür boya türlerinden N719 olarak bilinen organik boya da DNA görüntülemede kullanılmıştır. Boyama işlemi jel içi ve elektroforez sonrası jel boyanması şeklinde yapılmıştır. Çıkan sonuçlar EtBr boyası sonuçlarıyla karşılaştırılmıştır. Çalışma sonucunda jel içi ve elektroforez sonrası boyamada GelRed, SYBR Safe ve N719 boyalarının EtBr yerine başarı ile kullanılabileceği belirlenmiştir.

Ethidium bromide (EtBr), a basic gel dye has been widely used for imaging of DNA and PCR fragments in the agarose gel electrophoresis. However, hazardous effects to environment and health due to carcinogenic and mutagenic activity, there is need to work out for alternative dye.The study was designed to investigate to check six different dyes for staining of electrophoresis as an alternative to Ethidium bromide and to compare it with Ethidium bromide. For this purpose, SYBR® Safe, SYBR® Green I, GelRed™, Methylene Blue and Crystal Violet dye were used and staninig activity in plant DNA and PCR products were analyzed. Furthermore, a kind of visible organic dye known as N719 being was also used for DNA imaging. The staining process were used as precast in gel and post-stain electrophoresis. The results were compared with the results of EtBr dye. GelRed™, SYBR® Safe and N719 dyes could be used for post-stain electrophoresis and precast in gel instead of EtBr.