Pamuk yağında DNA izolasyon yöntemlerinin etkinliğininkarşılaştırılması ve genetiği değiştirilmiş organizmaanalizlerine etkisinin değerlendirilmesi

Abstract

Gıdalarda genetiği değiştirilmiş organizma analizlerinin en önemli basamağı saf vekırılmamış DNA elde edilmesidir. Bu çalışmada, gıda endüstrisinde kullanılan ticariolarak temin edilen pamuk yağı örneklerinden dört farklı yöntem ile DNA izolasyonçalışması gerçekleştirildi. Cetyl trimethylammonium bromide (CTAB)-hekzan-kloroform, CTAB-merkaptoetanol,CTAB ve kit yöntemiyle elde edilen DNA'larınkonsantrasyon ve saflık değerleri spektrofotometri ile belirlendi. Bu yöntemlerle izoleedilen DNA'ların polimeraz zincir reaksiyonunda (PZR) etkin bir şekildeamplifikasyona maruz kalıp kalmama durumları değerlendirildi. Bunun içinpamuğa(Gossypium)özgü acyl taşıyıcı protein 1 kodlayan gen bölgesine (acp 1) göretasarlanan primerler ve genetiği değiştirilmiş gene ait 35S promotor bölgesine göretasarlanan primerler ile amplifikasyon reaksiyonu gerçekleştirildi. Sonuç olarak, CTABtemelli manuel yöntemlerle izolasyon işleminden sonra ortamdan uzaklaştırılamayanpolisakkarit ve diğer moleküllerin amplifikasyonu engellediği sonucuna varıldı. Kityöntemiyle yapılan izolasyonda ise yeterli miktarda DNA elde edilemediği ve bunedenle amplifikasyonun başarılı şekilde yapılamadı değerlendirildi. DNA'ların etanolile temizlenmesinden sonra daha saf hale geldiği spektral olarak belirlendi ve CTAByöntemiyle izole edilen DNA'larda amplifikasyon reaksiyonu bazı örnekler içingerçekleştirildi.

The most important step of genetically modified organism analysis in foods is obtainingpure and intact DNA. In this study, DNA isolation study was performed with fourdifferent methods from commercially available cotton oil samples used in food industry.The concentrations and purities of DNA samples isolated by cetyl trimethylammoniumbromide (CTAB) -hexane-chloroform, CTAB-mercaptoethanol, CTAB and kit DNAwere obtained by spectrophotometry. The DNAs isolated by these methods wereevaluated whether they were effectively subjected to amplification in polymerase chainreaction (PCR).For this purpose, amplification reactions were performed with primersdesigned according to the gene region encoding acyl carrier protein 1 (acp1) specific tocotton (Gossypium spp) and primers designed according to the 35S promoter region ofmodified gene.As a result, it was concluded that polysaccharide and other moleculesthat might notbe removed after isolation by CTAB based manual methods preventedamplification. Also, it was evaluated that sufficient DNA could not be obtained fromisolation by kit method and therefore amplification could not be performed successfully.It was determined that DNAs became more pure after ethanol precipitation andamplification reaction was performed succesfully for some samples of DNA isolated byCTAB method.