DNA`nın fiziko kimyasal özelliklerinin spektroskopik yöntemlerle incelenmesi

Abstract

ÖZ Yüksek Lisans Tezi DNA'NIN FİZİKO KİMYASAL ÖZELLİKLERİNİN SPEKTROSKOPİK YÖNTEMLERLE İNCELENMESİ Hüsnü KOÇ Harran Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü Fizik Anabilim Dalı Danışman: Yrd. Doç. Dr. Süleyman YILMAZ Yd: 2005, Sayfa: 73 Bu çalışmada DNA molekülünün fizikokimyasal özellikleri spektroskopik yöntemlerle incelendi. Bu amaçla, DNA molekülünün kimyasal yapısı ve fiziksel özellikleri belirlenmiş ve kolesterik sıvı kristal düzenine sahip olan DNA molekülünden ışık saçılması silindirik koordinatlarda ve eksenel simetriye sahip olan parçacıklar için uyarlanan şartlarda ayrı ayrı modellendi. Silindirik koordinatlardaki sayısal hesaplamalar Maxwell'in klasik elektrodinamikteki sınır değer şartlarına uyarlanıp, gelen elektromanyetik dalganın şartlarına bağlı olarak, iç ve saçılan elektromanyetik dalganın açılım katsayıları hesaplandı. Açılım katsayılarından yola çıkarak saçılma tesir kesitlerinin hacimsel büyüklük parametresine ve saçılma şiddetinin saçılma açısına göre değişimleri farklı kutuplanma ve soğurma şartlarında hesaplandı. Eksenel simetriye sahip parçacıklar için uyarlanan sistemdeki hesaplamalar T-matris (dönüşüm matrisi) yaklaşımı uygulanarak yapıldı ve gelen elektromanyetik dalganın şartlan, parçacık ve laboratuar çerçevesi esas alınarak iç ve saçılan elektromanyetik dalganın açılım katsayıları hesaplandı. Açılım katsayıları kullanılarak, saçılma şiddetinin açısal değişimi farklı soğurma şartlarında hesaplandı. Hesaplamalar, FORTRAN (Power Station Studio Developer) programlama diline uyarlandı. Sayısal hesaplamalardan elde elden veriler, Gnuplot çizim editöründe anlamlı grafiklere dönüştürüldü. ANAHTAR KELİMELER: DNA, sıvı kristaller, spektroskopik yöntemler, faz dönüşümleri.

ABSTRACT Master Thesis INVESTIGATON OF PHYSICO-CHEMICAL PROPERTIES OF DNA VIA SPECTROSCOPIC METHODS Hüsnü KOÇ Harran University Graduate School of Natural and Applied Sciences Depertmant of Physics Supervisor: Assist Prof. Dr. Süleyman YILMAZ Year: 2005, Page: 73 In this study, physcochemical properties of DNA molecule was investigated via spectroscopic methods. For this goal, chemical structure and physical properties of DNA molecule were determined and light scattering by DNA molecule with cholesteric liquid crystal order was modelled separately either in cylinderical coordinates by conditions of axisymmetric particle. Numerical calculations in cylindrical coordinates were carried out according to Maxwell boundary value conditions in classical electrodynamical approach and expansion coefficients of the internal and scattered waves were calculated. Set out of expansion coefficients, scattering cross section versus size parameter and scattered intesity versus scattering angles were calculated in different polarization and absorption conditions. In an adapted system for axisymmetric particles, calculations were done by T-matrix (transition matrix) approximation and in essence of condition of incident electromagnetic wave, particle and laboratory frame, expansion coefficients of internal and scattered electromagnetic waves were calculated. As using the expansion coefficients, the angular distrubition of scattered intensity was calculated in different absorption conditions. These computational calculations were adapted to FORTRAN (Power Station Studio Developer) programming language. Data from numerical calculations were converted to meaningful graphics in Gnuplot drawing editor. KEYWORDS: DNA, liquid crystals, spektroskopic methods, phase transitions. 11