Ülkemizde HCV türünün tayini

Abstract

ÖZET ÜLKEMİZDE HCV TÜRÜNÜN TAYİNİ Bu çalışmada kronik hepatit tanısı almış 45 hastanın serumlarında ELISA yöntemi ile Anti- HCV-Ab, nested RT- PCR ile HCV-RNA ve RFLP yöntemi ile de genotip tayinleri yapılmıştır. Anti-HCV-Ab tayininde Abbott firmasına ait II. kuşak ELISA kiti kullanılmıştır. HCV-RNA tayininde ise hasta serumları GSCN ve fenol-kloroform karışımları ile ekstrakte edilerek, elde edilen virüs RNA'sı ters transkripsiyon ile c DNA elde edilmiştir. Virüs genomunun çok iyi korunduğu belirtilen 5'NCR bölgesine ait primeler kullanılarak nested-PCR yapılmıştır. İkinci PCR ürünü agarose jel elektroforezinde yürütülerek, jeldeki ethidiumbromür sayesinde görünür hale getirilmişlerdir. Kullanılan bir DNA markeri ile kıyaslanan numunelerin bant büyüklüğü 251 bp uzunluğunda olmaları beklendiğinden, buna uygun örnekler pozitif olarak kabul edilmiştir. İkinci PCR ürünü olan 251 bp'lik DNA fragmanları, genotip tayini yapılmak üzere uygun restriksiyon endonükleazlarla kesilmeleri sağlanmıştır. Kırılmış DNA parçaları PAGE'de yürütülerek büyüklüklerine göre PAGE'de ayrılmaları sağlanmıştır. Bu DNA fragmanlarının boyutları kullanılan uygun bir marker ile kıyaslanmıştır. Burada değişik bp'lik 0XHae III markeri kullanılarak, HCV genotipleri belirlenmiştir. Anahtar kelimeler : Kronik Hepatit, HCV-RNA, genotip, PCR, RFLP

SUMMARY HCV Genotype Determination in Turkey In this study anti-HCV-Ab, was determinated by ELISA, HCV-RNA was determinated by RT-PCR and genotyping was determinated by RFLP in the sera of 45 patients diagnosed as chronic hepatitis. Second generation ELISA kit was used for Anti-HCV-Ab. For HCV-RNA determination patient sera was extracted with GSCN and phenol-chloroform mixture and cDNA was obtained by reverse transcription of virus RNA. Nested PCR was achieved by using the primers belonging to the 5 'NCR of the genom which is known to be well conserved. Th second PCR product was made visible by the ethidium bromide of the gel in agarose gel electrophoresis. Since 25 1 bp band length was expected when compared with a DNA marker used, samples suitable to that length were considered as positive,. 251 bp DNA fragments of the second generation products have been cut with suitable restriction endonucleases in order for genotyping. Cut DNA fragments were separated according to size in PAGE. Lengths these DNA fragments were compared with a suitable marker In this study <>X Hae III marker of different bps were used for genotyipe determination. Key words: Chronic hepatitis, HCV-RNA, genotype, PCR, RFLP