Nozokomiyal üriner sistem infeksiyonlarında E. coli plazmid profili

Abstract

ÖZET Plazmid analizinin yapılması, organizma çeşitlerinin epidemiyolojik olarak tiplendirilmesi bakımından oldukça faydalı bir yöntemdir. Salgınlarda, plazmid profilinin çıkarılması, epidemik türün yayılanının izlenmesi bakımından hızlı ve kolay bir yol olup, diğer tipleme yöntemlerinden daha spesifik olmaktadır. Plazmidlerin restriksiyon endonükleaz profillerinin çıkarılmasıyla, endemik antibiyotik direnci sağlayabilen spesifik direnç plazmidlerinin türler arasındaki geçişlerinin nasıl olduğu anlaşılmıştır. Ultrasantrifuj yöntemiyle çok saf bir şekilde plazmid pürifikasyonu yapılabilmesine rağmen bu yöntem Türkiye'de uygulanmamıştır. Hem iaboratuvanmızda bu yöntemi yerleştirmek için hem de hastanemizdeki nozokomiyal üriner sistem infeksiyonlanndan elde edilen E.coli suşlanndaki plazmid profilini ortaya çıkarabilmek amacıyla bu çalışma yapılmıştır. GATA bünyesindeki çeşitli kliniklerde yatan hastalardan nozokomiyal üriner sistem infeksiyon etkeni olarak izole edilen Kcoli suşlanndan beş tanesi seçilerek ultrasantrifügasyon yöntemi ve agaroz jel analizi ile plazmid profilleri ortaya konulmuştur. Bunun için, alkali lizis yöntemi ile parçalanan bakterilerin, ultrasantrifugasyonla plazmid DNA'lan izole edilmiştir. Daha sonra izole edilen plazmid DNA'lan %0.6 agaroz jelde yürütülerek ethidium bromidle boyanmış ve polaroid fotoğrafları çekilmiştir. Sonuç olarak, ağırlıklan 1.3 - 162 Mâ arasında değişen on adet plazmid elde edilmiştir. -25-

SUMMARY THE PLASMID PROFILING OF ESCHERICHIA COLI STRAINS ISOLATED FROM NOSOCOMIAL URINER TRACT INFECTIONS Plasmid analysis is a useful method for epidemiologic typing of a variety of microorganisms. In outbreaks, plasmid profiling is a rapid, convenient way to follow the spread of the epidemic strain and may be more spesific than other typing methods. Restriction endonuclease profiling of plasmids has led to an understanding of how the transmission of spesific resistance plasmids among many species can contribute to endemic antibiotic resistance. Although plasmids can be highly purified by ultracentrifugation, this method hasn't been performed until now in Turkey. This study was performed for both to establish this method in our laboratory and to analyse the plasmid profiles in Kcoli strains isolated as a nosocomial agents in our hospital. The plasmid patterns were determined in five strains of Exoti isolated from the in patients from various clinics in Gülhane Military Medical Academy. Plasmid DNA of bacteria lysed with alkali lysis procedure was isolated using ultracentrifugation method. The purified DNA was electrophoresed in 0.6% agarose gel and subsequently stained with ethidium bromide. Then they were photographed by polaroid camera. Ten plasmids which their molecular weights were ranging between 1.3 - 162 Md were found. -26-