Investigation on prevalence of Roditis leaf discoloration-associated virus causing disease in grapevines in Turkey vineyards

Abstract

Asma Roditis yaprak renk değişikliği ile ilişkili virüs (GRLDaV), Türkiye'de asmalarda tespit edilen ilk DNA virüsüdür. Bu araştırma, Türkiye'de bağ alanlarında GRLDaV yaygınlığını araştırmak ve viral izolatların varyasyon durumunu DNA sekansı ve filogenetik analizlerle belirlemek amacıyla yapılmıştır. Test edilen 800 asma örneğinde GRLDaV enfeksiyon oranı %8,12 olarak belirlenmiştir. Bölgeleri temsil eden iller bazında test edilen örneklerde Bursa'da GRLDaV enfeksiyonu %1,04, Manisa'da %2,15, İzmir'de %67,56, Denizli'de %9,1, Adıyaman'da %4, Şanlıurfa'da %11,3, Elazığ'da %7,6, Antalya'da %57,14, Mersin'de %47,5, Adana'da %6,25, Kahramanmaraş'ta %4,76 ve Ankara'da %4,76 oranında tespit edilmiştir. Batman, Diyarbakır, Mardin, Gaziantep, Malatya, Tekirdağ, Çanakkale, Burdur, Isparta Konya ve Nevşehir'den alınan örneklerde GRLDaV tespit edilmemiştir. İlkbahar sonu ve sonbaharda toplanan örneklerde GRLDaV enfeksiyon oranı sırasıyla %9,26 ve %9,59 olarak belirlenmiştir. Filogenetik analiz sonuçlarına göre GRLDaV izolatları intraspesifik çeşitlilik göstermiş, grup 1 ve 2 olarak iki ana gruba ayrılmış ve grup 2 ayrıca kendi içinde 2a ve 2b olarak belirtilen alt gruplara ayrılmıştır. Bu çalışma, dünyada ve Türkiye'de kapsamlı GRLDaV surveyi yapılan ilk çalışmadır.

Grapevine Roditis leaf discoloration associated virus (GRLDaV) is the first DNA virus detected in grapevines in Turkey. This research scope was to investigate the prevalence of GRLDaV in vineyard areas in Turkey and to determine the variability of the viral isolates with DNA sequence and phylogenetic analysis. GRLDaV infection rate was determined as 8.12% among the 800 tested grapevine samples. Based on the provinces to represent the regions, GRLDaV infection in the samples tested was 1.04% from Bursa, 2.15% from Manisa, 67.56% from İzmir, 9.1% from Denizli, 4% from Adıyaman, 11.3% from Şanlıurfa, 7.6% from Elazığ, 20% from Antalya, 57.14% from Mersin, 47.5% from Adana, 6.25% from Kahramanmaraş and 4.76% from Ankara. GRLDaV was not detected among the samples obtained from Batman, Diyarbakır, Mardin, Gaziantep, Malatya, Tekirdağ, Çanakkale, Burdur, Isparta Konya and Nevşehir. The GRLDaV infection rate was 9.26% and 9.59% among the samples collected in late spring and autumn, respectively. According to phylogenetic analysis, GRLDaV isolates were divided in two main groups as indicated group 1 and 2 and, group 2 divided in subgroups as indicated 2a and 2b, highlighting the extensive intraspecific diversity. This study is the first comprehensive survey for GRLDaV in the world and in Turkey.