Research on the cloning of a newly detected virus on grapevine and determination of genetic properties

Abstract

Sosyo-ekonomik açıdan önemli bir ürün olan asma, çeşitli bitki hastalıklarına karşı hassas olup, bu durum verimde azalmaya neden olmaktadır. Bitki hastalıklarıyla etkin mücadele, öncelikle teşhis ve tanı işlemlerinin gerçekleştirilmesiyle sağlanır. Daha önceki araştırmalarda, bir HTS-Illumina dizileme verisi içerisinde Secoviridae familyasının dört viral RNA'sı tespit edilmiştir. Bu çalışmada, bağlarda yeni tespit edilen bu viral etmenin mekanik taşınması, klonlanması ve biyoinformatik araçlar aracılığıyla genetik özelliklerinin analiz edilmesi amaçlanmıştır. RT-PCR ve DNA elüsyonundan elde edilen viral transkriptlerin amplikonları, TA vektörlerine (pTZ57R/T) aktarılmış ve Top 10 bakteri hücresine transforme edilerek klonlanmıştır. RNA2 (tüm genom contig 1759) TA vektöründe (pTZ57R/T) klonlanmış ve sonuçta hedef viral dizi kopyaları varlığı vektörde kanıtlanmıştır, ancak klonlamadan sonraki dizileme sonuçları düşük benzerlik göstermiştir (farklı viral dizi bölgelerinde %44.43 ve %41.62 benzerlik). Ayrıca, biyoinformatik yoluyla illumina dizi verilerinin analizi, viral contig 1759'un hem Fabavirus hem de Comovirus'a benzerlik düzeyini ortaya koymuş, ancak Comovirus altında kategorize etmek için yeterli olmamıştır. Bu nedenle, yeni cins yaratılması gerektiği düşünülmektedir. Daha sonraki çalışmalarda, infektif virus klonları üretilerek Koch'un postulatları yerine getirilmelidir.Anahtar Sözcükler: Secovirus, virus genom klonlama, yeni asma virüsü, karakterizasyon

Grapevine being socio-economically important commodity is sensitive to diverse plant diseases, causing reduction in yield. The effectiveness in managing these plant pathogens, is achieved by foremost carrying out identification processes. In view of the prior researches, four viral RNAs of Secoviridae family were newly sequenced by the rise of illumina in grapevine. This study aimed at mechanically transmitting, cloning the viruses and also analyzing genetic properties through bioinformatics tools. The amplicons of viral transcripts from RT-PCR and DNA elution were introduced in TAvectors (pTZ57R/T) cloned by transforming into Top 10 bacterial cells. The RNA2 (whole genome contig 1759) was cloned in TA vector (pTZ57R/T) and the outcomes revealed the presence and existence of the target sequence, signifying replicates of the viruses, however, the sequencing results after cloning were inconsistent (though, giving 44.43% and 41.62% match in different sequences). Also analysis on the illumina sequence data through bioinformatics portrayed the similarity level of the viral contig 1759 to both Fabavirus and Comovirus is not enough to categorize it under Comovirus therefore, there is the need for creation of new genus. This research for further studies, is at the verge of fulfilling Koch`s postulates whenever the infective virus clones are produced.Keywords: Secovirus, virus genome cloning, new grapevine virus, characterization