Kanatlı kökenli escherichia coli`lerin filogruplandırılması

Abstract

Filogruplandırma, E. coli suşlarının karakteristik özelliklerinin anlaşılması,enfeksiyonların önlenmesi, kontrol edilmesi ve yeni tedavi yöntemlerininbelirlenmesinde önemli rol oynamaktadır.Bu çalışmada kanatlı kökenli E. coli (APEC ve AFEC) suşlarınınfilogruplandırılması amaçlandı. Çalışmada identifiye edilen 150 adet APEC ve 150adet AFEC suşunun filogruplandırılması kuadrupleks PCR (Clermont ve ark., 2013)metodu ile araştırıldı. Filogruplandırma sonucu incelenen 150 adet APEC suşunun 4'uA (% 2,66), 43'ü B1 (% 28,66), 38'i B2 (% 25,33), 2'si C (% 1,33), 18'i E (% 12), 5'iF (% 3,33), 1'i Clade I (% 0,66), 2'si negatif (% 1,33) olarak gruplandırıldı vegruplandırılmayan 37 (% 24,66) suş tespit edildi. İncelenen 150 adet AFEC suşunun5'i A (% 3,33), 8'i B1 (% 5,33), 16'si B2 (% 10,66), 16'si C (% 10,66), 1'i D (% 0,66),27'si E (% 18), 9'u F (% 6), 3'ü Clade I veya Clade II (% 2) olarak gruplandırıldı vegruplandırılmayan 51 (% 34) suş tespit edildi.Escherichia coli enfeksiyonlarının önlenmesi amacıyla geliştirilecek olanaşılarda mutlaka yersel suşların kullanılması ve bu suşlara ait özelliklerin belirlenmesigerektiği anlaşıldı. Bununla birlikte genotipik olarak çok çeşitlilik gösteren E. colisuşlarının, özellikle APEC suşlarının, daha detaylı genotipik analizler yapılarak yenifilogrupların araştırılması gerektiği düşünüldü.

Phylogrouping has a major role to understand the characteristic features of E.coli strains, control and establishment of new treatment methods.This study was aimed to phylogrouping the strains of E. coli (APEC ve AFEC)of avian origin. A total of 150 samples of APEC and 150 samples of AFEC wereanalyzed and phylogrouped using quadruplex PCR (Clermont et al., 2013) method.Among the APEC samples under study, 4 (% 2,66) belonged to group A, 43 (% 28,66)belonged to group B1, 38 (% 25,33) belonged to group B2, 2 (% 1,33) belonged togroup C, 18 (% 12) belonged to E, 5 (% 3,33) belonged to group F, 1 (% 0,66) belongedto Clade I, 2 (% 1,33) were negative and 37 (% 24,66) was ungrouped. On the otherhand among AFEC samples under study, 5 (% 3, 33) belonged to A group, 8 (% 5,33)belonged to B1, 16 (% 10,66) belonged to B2 group, 16 (% 10,66) belonged to Cgroup, 1 (% 0,66) belonged to D group, 27 (% 18) belonged to E group, 9 (% 6)belonged to F group, 3 (% 2) belonged to Clade I or Clade II and 51 (% 34) wereungrouped.The applications of local vaccine strains is unique in order to prevent E. coliinfections, but firstly the characteristics of these strains should be determined. Inaddition, regarding E. coli strains, especially APEC, which show genotypic diversity,more research needs to be done to investigate new phylogroups.