Ortam şartlarının Ty2 retrotranspozunu transkripsiyonuna ve frameshift oranına etkilerinin analizi

Abstract

m ÖZET: Ortam Şarttaımaa Ty2 Retrotranspozoöu Transkripsiyonuna ve Frameshift Oamna Etkilerinin Analizi Ty2 retrotranspozonu S.cerevisim genomunda bulunan ve RNA aracüıgı 3e genomda bir bölgeden başka bir bölgeye hareket eden beş grup Ty LTR elementinden birisidir. Ty2 retroteanspozonu çok sayıda düzenleyici element içeren yoğun bir promoter yapışma sahip olup hücre içerisindeki bir çok metabolik dalgalanmalara karşı transkripsiyon seviyesinde dengeleme yapma yeteneğine satuptir. B» yüzden, mayanın içinde bulunduğu ortam şartlan, aynı zamanda Ty2 retroelementinm transkripsiyonel düzenlenmesinde önemli role sahiptir. Ty2 retroelementi retroviral GAG ve POL homologu, TYA ve TYB genlerine sahiptir. Bunlardan POL homologu, T¥B translasyon sırasında TYA:TYB fuzyon pepticü halinde Translasyonal Frameshift olarak adlandırılan bir mekanizma üe sentezlenir. Frameshift olayı translasyonda % 26 lık bir oranla gerçekleşir ve bu oran Ty2 retrotranspozonunun yaşamında hayati öneme sahiptir. Bu oranda herhangi bir sapma Ty2'nin yaşam döngüsünü negatif olarak etkiler. Bu araştırmada, Ty2 elementinin, büyüme safhalarına ve karbon kaynağındaki değişimlere göre, transkripsiyon ve frameshift oranındaki değişiklikleri incelendi. Buna ek olarak karbon kaynağındaki değişime yanıt olarak tor İL, sip-4A ve cot-SA mutantlarmda Ty2 elementinin transkripsiyon ve frameshift oranının seviyesi incelendi. Çalışmalarda Ty2 transkripsiyonu ve frameshift oranının, durağan safha dışında büyümeye paralellik gösterdiği gözlendi. Karbon kaynağındaki değişime yanıt olarak sip~4&. ve cot-SA mutantlarmda yaban tipe kıyasla transkripsiyon seviyesinde önemli bir farklılık gözlenmezken, tor] A mutanönda fermente edilebilen karbon kaynağında% fermente edilemeyen karbon kaynağına aktarıldığında, frameshift orammn yaban tip hücrelerde görülenden % 50 daha düşük seviyede kaldığı belirlendi.

IV ABSTRACT: The analysis of the effects of the growth conditions on the transcription and frameshift rate of Ty2 retrotransposon. Ty2 retrotransposon of S.cerevisiae is one of the five families of Ty LTR elements found in the yeast genome. They transpose by way of RNA intermediates from one location to the another in the yeast genome. Ty2 retrotransposon has a highly saturated promoter structure containing many regulatory elements giving it the ability of buffering the intracellular metabolic fluctuations at the transcription level. Therefore the environmental conditions m which S.cerevisae cells grow have a significant role in the transcriptional regulation of Ty2 retroelement. Ty2 retroelenient has TYA and TYB genes homologous to retroviral GAG and POL genes. The POL homolog of Ty2, TYB is synthesized in the form of TYA