Tokat ili bağ alanlarında Grapevine fanleaf virus ve Grapevine leafroll-associated virus-1,2,3,4,9 virüslerinin varlığının moleküler olarak belirlenmesi

Abstract

2018 yılında Tokat ilinde yapılan bu çalışmada, bağcılığın yoğun olarak yapıldığı Merkez, Erbaa, Niksar ve Pazar ilçelerindeki bazı bağ alanlarından asmaların virüs belirtisi gösteren genç yapraklarından ve bir yaşlı sürgünlerinden örnekler toplanmıştır. Toplanan 197 adet asma örneği Grapevine fanleaf virus (GFLV), Grapevine leafroll-associated virus-1 (GLRaV-1), Grapevine leafroll-associated virus-2 (GLRaV-2), Grapevine leafroll-associated virus-3 (GLRaV-3), Grapevine leafroll-associated virus-4 (GLRaV-4) ve Grapevine leafroll-associated virus-9 (GLRaV-9) virüslerinin varlığını tespit etmek amacıyla, virüslere spesifik primerler kullanılarak moleküler bir yöntem olan RT-PCR testine tabi tutulmuştur. Test edilen 197 adet örneğin 106 (%53.80) tanesinde bir veya birden fazla virüse rastlanmıştır. Toplam 197 bitki örneğinin 103'ü GLRaV-1 (%52.28), 10'u GLRaV-3 (%5.18), 5'i GLRaV-4 (%2.53), 2'si GLRaV-2 (%1.03), 2'si GLRaV-9 (%1.01) ve 2'si GFLV (%1.01) ile enfekteli bulunmuştur. Tokat Merkez ve ilçelerinden toplanan bitki örneklerinde en yaygın görülen virüsün GLRaV-1 olduğu ve bunu GLRaV-3'ün izlediği saptanmıştır. En az saptanan virüsler ise GFLV, GLRaV-2 ve GLRaV-9 olarak tespit edilmiştir. Tespit edilen çoklu enfeksiyonlar içerisinde en fazla GLRaV-1 + GLRaV-3'ün birlikte enfeksiyonu olduğu belirlenmiştir. GLRaV-1 ve GLRaV-3 ile enfekteli izolatların çift yönlü sekans analizleri yapılmış ve MEGA10 bilgisayar programında hizalanmış ve gen bankasına kayıtlı izolatlarla karşılaştırması yapılarak filogenetik ağaç oluşturulmuştur. Filogenetik analiz çalışmalarına göre, GLRaV-1 gen bankasında kayıtlı farklı izolatlarla ve kendi içinde de farklı dallanmalar göstermiştir. GLRaV-3 ile enfekteli ÜÖ3-3 izolatı ise kayıtlı diğer izolatlarla %99-100 oranlarında benzerlik göstermiştir.

In this present research, during the 2018 summer season, samples were collected from fresh leaf and a one year old shoots showing virus-like symptoms from vineyards from Centrum, Erbaa, Niksar and Pazar districts of Tokat. Total 197 grapevine samples were tested molecularly and two step polymerase chain reaction (PCR) was performed with virus-specific primers to Grapevine fanleaf virus (GFLV), Grapevine leafroll-associated virus-1 (GLRaV-1), Grapevine leafroll-associated virus-2 (GLRaV-2), Grapevine leafroll-associated virus-3 (GLRaV-3), Grapevine leafroll-associated virus-4 (GLRaV-4) and Grapevine leafroll-associated virus-9 (GLRaV-9). Detection single or dual infections of these viruses have been determined in 106 (53.80%) samples. 103 (52.28%) out of 197 samples, tested resulted in positive with GLRaV-1, 10 out of 197 samples with GLRaV-3 (%5.18), 5 of samples with GLRaV-4 (%2.53), 2 of samples with GLRaV-2 (%1.03), 2 of samples with GLRaV-9 (%1.01) and 2 of samples with GFLV (%1.01). Positive PCR products of GLRaV-1 and GLRaV-3 were sequenced in two directions, aligned with MEGA10 and analysed in BLAST for multiple comparison of other isolates in Genebank. According to phlogenetic analaysis of GLRaV-1 and GLRaV-3 isolates, isolates infected with GLRaV-1 showed 94-96% of identity with others in NCBI Genebank. UO3-3 isolate infected with GLRaV-3 showed 99-100% of identity with those from Genebank