Mycobacterium tuberculosis tanısında polimeraz zincir reaksiyonu tekniğinin kullanımı

Abstract

IV ÖZET MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS TANISINDA POLİMERAZ ZİNCİR REAKSİYONU TEKNİĞİNİN KULLANIMI Sezgin GÜNEŞ, Yüksek Lisans Tezi Ondokukuz Mayıs Üniversitesi Samsun, Şubat 1999 Polimeraz zincir reaksiyonu (PCR), kültüre göre daha kısa sürede cevap vermesi nedeniyle Mycobacterium tuberculosis 'in tanısında kullanıldı. Polimeraz zincir reaksiyonunda kullanılan primerler bu bakteriye has olan Insertion Sequence 6110 (IS61 10)'a ait olup 123 baz çifti uzunluğunda bir bölgenin çoğaltılmasında kullanıldılar. 31 balgam, 20 idrar, 5 parasentez, 4 torasentez, 3 periton mayi ve 1 plevral mayi olmak üzere toplam 64 örnek çalışıldı. Balgam örneklerinin dekontaminasyonu N- asetil-L-sistein-NaOH, diğer örneklerin dekontaminasyonu ise NaOH-Sodyum sitrat yöntemiyle yapıldı. Kaynatma yöntemiyle elde edilen DNA, polimeraz zincir reaksiyonunda kullanıldı. 19 örnek PCR pozitif, 46 örnek PCR negatif olarak bulundu. ARB (aside-alkole rezistan basil) pozitif örneklerin sayısı 30, ARB negatif örneklerin sayısı ise 30'du. Kültür sonuçlarına göre 17 örnek kültür pozitif, 3 1 örnek ise kültür negatifti. Polimeraz zincir reaksiyonunun duyarlılığı (sensitivity) % 94, özgüllüğü(specificity) ise % 79 olarak hesaplandı. Standart suş M. tuberculosis H37 Rq'dan elde edilen DNA ile yürütülen PCR'nun Escherichia coli ve Staphylococcus aureus DNA'larının varlığında (1 ug'dan az olduğunda) normal olarak çalıştığı görüldü. Standart H37 Rq suşu DNA'sının farklı konsantrasyonlarının PCR ile çoğaltılmasıyla elde edilen sonuçlara göre içinde yaklaşık olarak R M tuberculosis genomuna eşdeğer miktarda DNA bulunduran biyolojik materyallerde basilin varlığının gösterilmesinin mümkün olduğu bulundu. NOT: Bu çalışma üniversitemiz T- 148 nolu Araştırma Projesince desteklenmi ştir.

ABSTRACT THE UTILITY OF POLYMERASE CHAIN REACTION IN THE DIAGNOSIS OF Mycobacterium tuberculosis Sezgin GÜNEŞ, M.Sc. Thesis University ofOndokuz Mayıs Samsun, February 1999 Polymerase chain reaction (PCR), due to its faster response than culture was used for the diagnosis of Mycobacterium tuberculosis. Amplification reactions were performed using primers that amplify a 123 bp fragment of Insertion Sequence 6110 (IS61 10) specific to M. tuberculosis. A total of 64 samples were tested by PCR. The type (number) of specimens tested were as follows: sputum (31), urine (20), perisentez (5), torosentez (4), peritoneal fluid (3) and bronchial washing (1). Sputum samples were decontaminated by N-acetyl- L-cysteine-NaOH, other samples were decontaminated by NaOH-Na citrate method. The DNA used in PCR was obtained by boiling. 19 samples were found positive with PCR and 45 samples were negative with PCR. 30 samples were smear positive and 30 samples were smear negative. 17 samples were culture positive and 31 samples were culture negative. The sensitivity and specificity were 94 % and 79 %, respectively. Polymerase chain reaction run with the DNA isolated from standart M. tuberculosis strain H37Rq was working normally in the presence of DNAs (less than 1 ug) of Escherichia coli and Staphylococcus aureus. The detection limit for PCR was determined by making serial dilutions of DNA from the standart M. tuberculosis H37Rq strain. The detection limit was found to be as low as ~8 M. tuberculosis genome equivalents of DNA in biological samples. P.S.: This work has been supported by the University Research Fund Project No.T-148.