Nötrofilik-mezofilik streptomyces`lerin nümerik sınıflandırılması

Abstract

NÖTROFİLİK-MEZOFİLİK Streptomyces' LERİN NÜMERİK SINIFLANDIRILMASI ÖZET Actinomycetesler, önemli biyoaktif bileşikler, antibiyotikler, enzimler, enzim inhibitörleri ve vitaminlerin başlıca kaynağıdırlar. Özellikle, elde edilen 7000' den fazla antibiyotiğin %60' ı şüphesiz bu organizmalar tarafından üretilmektedir. Streptomyces griseus tarafından `streptomisin` antibiyotiğinin keşfi ile birlikte modern antibiyotik devri başlamış ve daha sonra yeni biyoaktif bileşikler için sayılamayacak kadar Streptomyces farklı ortamlardan izole edilerek korunmuştur. Ülkemizde Streptomyces' lerle ilgili kapsamlı bir çalışma yapılmamıştır. Bu çalışmada ülkemizdeki yedi coğrafik bölgedeki sekiz ilden toprak örnekleri alındı. Toprak örneklerinin alındığı iller ve lokaliteleri: Adana; bahçe, Artvin; çay bahçesi, Erzurum; dere kenarı, Gaziantep; bahçe, İstanbul; botanik bahçesi, Manisa; kayalık açık alan, Nevşehir; bahçe, Samsun; bahçe toprağı olmak üzeredir. Toprak örneklerindeki organizmalar karıştırma ve sulandırma yöntemleriyle seyreltildi. Her bir sulandırma için üç petri hazırlanarak, bu sulandırmalardan kurutulmuş besiyeri üzerine transfer edilerek 25°C de iki hafta inkübe edildi. Saf kültür haline getirilmiş 300 organizma renk gruplarını tespit etmek için Oatmeal besiyeri üzerine transfer edildi. İzolasyon plaklarından saflaştırılan 300 streptomycetes; beş büyük (7-12 suş), sekiz küçük (2-4 suş) ve dört tek üyeden oluşan renk grubuna ayrılmıştır. Bu gruplar arasından seçilen 62 test organizmasıyla test setleri oluşturuldu. 62 test organizmasından 14 organizma duplikat suş olarak seçildi. Duplikat kültürler, test hatasının hesaplanması, duplikat kültürler arasındaki yüzde uyum oranlarının ve test varyansının belirlenmesi için kullanıldı. Nümerik analizlerin yapılabilmesi için 62 test susu, 14 duplikat suş ve 12 tip örneği, 87 birim karakteri içeren besin, degradasyon, fizyolojik, morfolojik ve pigmentasyon testlerine tâbi tutuldu. Test sonuçlarının değerlendirilmesi için Ssm. UPGMA analizi kullanıldı. Ssm, UPGMA analizinin temel alındığı sınıflandırma uyumlu grupların ve kümelerin iyi bir şekilde dağılmasına imkan verdiğinden bu analizyüksek bir kophenetik korelasyon değeri vermektedir. Ssm katsayısına göre Streptomyces türleri arasında %77 oranında bir benzerlik derecesi belirlendi. Bu benzerlik derecesine göre test organizmaları ve tip örnekleri; beş büyük (5-6 suş), ondört küçük (2-4 suş) ve dört tek üyeli (SMC) gruba ayrılmıştır. Anahtar Kelimeler: Streptomyces, Nötrofilik, Mezofilik, Nümerik sınıflandırma.

NUMERICAL CLASSIFICATION OF NOTROPHILIC-MESOPHILIC Streptomyces ABSTRACT Actinomycetes are an unique source of high value bioactive products, antibiotics, enzymes, enzyme inhibitors and vitamins. In particularly, they account for sixty percent, that is more than seven thousand of the naturally occuring antibiotics that have been discovered. The modern era of antibiotics started with the dicovery that Streptomyces griseus produced `streptomycin`. Since then innumerable streptomyctes have been isolated from diverse environmental samples and screened for the presence of novel bioactive compounds. A detail study hasn' t been carried out with Streptomyces in our country. In the study, soil samples were taken from eight provinces in seven geographical areas in our country. The provinces and locations which soil samples were taken from are: Adana; garden, Artvin; tea garden, Erzurum; side of valley, Gaziantep; garden, Istanbul; botanic garden, Manisa; rockly grassland, Nevşehir, garden, Samsun; garden's soil. The organisms in the soil samples were diluted by shaking and dilution methods. Three plates were preperated for each dilution and transfered on surface of dried agar then incubated at 25°C for two weeks. Subcultured three hundred colonies were transfered on Oatmeal agar for colour grouping test. Three hundred streptomycetes which were subcultured from isolation plate are separeted to colour groups which consist five major (7-12 strains), eight minor (2-4 strains) and four single members. Test sets were formed with 62 test organisms which were selected from these groups were selected as duplicated strains from 62 test organisms. The test variance and percentage aggreement between the duplicated cultures were used to determine test error. 62 test strains, 14 duplicated strains and 12 type samples were applied nutrient, degradation, morphological and pigmentation tests which obtain 87 unit characters to do numerical analysis. Ssm, UPGMA analysis were used to be evaluated test results. Because the classification which is based on Ssm, UPGMA analysis enables aggregate groups and clusters to separate in a good way, this analysis gives a high copheneticIV correlation value. According to SSm coefficient 77% similarity degree is defined between Streptomyces species. Test organisms and type samples were separeted five major (5-6 strains), fourteen minor (2-4 strains) and four single member cluster according to similarity level. Key Words: Streptomyces, Nötrophilic, Mesophilic, Numerical classification.