Bazı organik ve organo-metalik kristallerin kristal yapılarının tayini

Abstract

IV ÖZET Bu çalışmada, Schiff bazı olan (C18H20CIN3O5) `4-[(2-Klorfenil)diazenil]-6- metoksi-2-{[1ris(hidroksimetil)-metil]aminometilen}siklohekza-3,5-dien-l(2/f)-oıı'', (C14H13NO2) `2-[2-(hidroksimetil)feniliminometil]fenol`, (C13H10N2O4) `2-[2-hidroksi-4-nitrofenil)amino- metilen]siklohekza-3,5-dien-l(2/f)-on` un kristal yapıları ve ayrıca (C14H12N2O3) `6-Metoksi- 5-(fenildiazenil)salisilaldehit`, ^ö^lNUOsZn) `Bis(4-hidroksibenzoat-KO)bis(nikotinamid- KN)çinko (II)` ve (C11H11NO3S) `Metil 3-(2-okzobenzotiazolin-3-il)propanat` kristallerinin yapılan, tek kristal x-ışmlan kınnımı yöntemiyle tayin edilmiştir. Direkt yöntemler kullanılarak çözülen yapıların atomik parametreleri tam-matris en küçük kareler ve fark- Fourier yöntemleri kullanılarak antılmıştır. Cı8H2oClN305, Monoklinik, P2ı/c, a=15,4723(2)Â, b=10,5669(8)Â, c=ll,1850(8)Â, p=98,900(3)°, V=1806,7(2)Â3, Z=4, Dx= 1,44 8 g/cm3, ?,(MoKa)=0,71069Â, u=0,25mm`', T=293(2)K, R-0,037, wR=0,105, S=l,04, F(000)=824. `4-[(2-Klorfenil)diazenil]-6-metoksi-2-{[tris(hidroksimetil)etil]aminometilen}siklo- hekza-3,5-dien-l(2H)-on` bileşiği trans konfîgürasyona sahiptir ve iki fenil halkası arasındaki dihedral açı 35,6(2)° olarak bulunmuştur. N=N çift bağ uzunluğu 1,260(2) Â olarak bulunmuş olup bu değerin literatürle uyumlu olduğu görülmüştür. Kristal yapıda moleküller, molekül içi N-H...O ve C-H...O moleküller arasında ise O-H...O ve C-H...O hidrojen bağlarına sahiptirler. C14H13NO2, Monoklinik, P2ı/n, a=4,587(4)Â, b=19,742(2)Â, c=12,620(l)Â, p=94,872(7)°, V=1138,6(2)Â3, Z=4, Dx=l,326g/cm3, X(MoKa)=0,71069Â, a=0,09mm`1, T=293(2)K, R=0,044, wR=0,108, S=0,89, F(000)=480. `2-[2-(hidroksimetil)feniliminometil] fenol` molekülünün yaklaşık olarak düzlemsel olduğu görülmüştür. Düzlemsel bir yapıya sahip olduğundan dolayı termokromik özellik gösterir. Ayrıca yapının fenol-imin formunda olduğu tespit edilmiştir. Molekül içi O-H...O ve C-H...O ile moleküller arası O-H...O hidrojen bağı gözlenmiştir.C13H10N2O4, Monoklinik, P2ı/c, a=ll,953(l)Â, b=8,091(5)Â, c=12,421(l)Â, P=l 08,268(9)°, V=1140,7(2)Â3, Z=4, Dx=l,504g/cm3, l(MoKa)= 0,71069Â, u^llmın1, T=293(2)K, R=0,038, wR=0,108, S=l,04, F(000)=536. `2-[2-hidroksi-4-nitrofenil)aminometilen] siklohekza-3,5 -dien- 1 (2//)-on` un keto- amin tautomerik yapıda olduğu görülmüştür. Aromatik halkaların düzlemleri arasındaki dihedral açı 10,79(4)°dir. Yapıda molekül içi N-H...0 ve moleküller arası 0-H...0 ve C- H...O hidrojen bağları gözlenmiştir. Ci4Hı2N203, Ortorombik, Pbcn, a=10,604(l)Â, b=12,990(l)Â, c=18,117(l)Â, V=2495,6(4)Â3, Z=8, Dx=l,364g/cm3, X(MoKa)=0,71069Â, ^OJOmm`1, T=293(2)K, R=0,042, wR=0,100, S=0,84, F(000)=1072. `6-Metoksi-5-(fenildiazenil)salisilaldehit` molekülünün diğer azobenzen türev lerinde olduğu gibi yaklaşık düzlemsel olduğu görülmüştür. Aynı zamanda yapı trans konfıgürasyona sahiptir. Yapıdaki C-O(hidroksil) [1,342(2)Â], -N=N- [1,255(2)Â] ve C-N [1,432(2)Â] bağ uzunluklannm literatürde bulunan yapılarla uyum içerisinde olduğu görülmüştür. C26H22N408Zn, Monoklinik, P2ı/n, a=10,316(l)Â, b=22,606(3)Â, c=10,893(l) Â, (3=95,375(6)°, V=2529,0(5)Â3, Z=4, Dx=l,533g/cm3, A,(MoKa)=0,71073 Â, u=l,03mm-', T=293(2)K, R=0,033, wR=0,095, S=l,04, F(000)=1200. `Bis(4-hidroksibenzoat-KO)bis(nikotinamid-KN)çinko (II)` kompleksi kristalog- rafık olarak simetri merkezine sahip, mononükleer bir komplekstir. Kompleks iki 4- hidroksibenzoat ve iki nikotinamid (NA) ligandı içermektedir ayrıca 4-hidroksibenzoat ligandlarından biri bidentat ligand olarak davranırken diğerleri monodentat ligand olarak davranmaktadır. C11H11NO3S, Monoklinik, P2,/c, a=7,911(l)Â, b=8,386(3)Â, c=16,490(2)Â, P=93,65(l)°, V=1091,8(4)Â3, Z=4, Dx=l,443g/cm3, X(MoKa)=0,71069Â, n=0,29mm`', T=293(2)K, R=0,039, wR=0,126, S=l,03, F(000)= 496. `Metil 3-(2-okzobenzotiazolin-3-il)propanat` molekülünün yaklaşık olarak düzlemsel olduğu görülmüştür. Yapıdaki bağ uzunlukları ve bağ açılarının literatürdekiVI benzer yapılarla uyum içerisinde olduğu belirlenmiştir. Ayrıca yapıda moleküller arası C-H...O hidrojen bağı olduğu görülmüştür. Anahtar kelimeler : Direkt yöntemler, Schiff bazlan, keto-fenol tautomerisi, azo bileşikleri, nikotinamid.

vıı ABSTRACT In this study, the crystal structures of (C18H20CIN3O5) `4- [(2- Chlorophenyl)diazenyl]-6-methoxy-2- {[tris(hydroxymethyl)- methyl] aminomethylene} - cyclohexa-3,5-dien-l(2//)- one`, (C14H13NO2) `2-[2-(hydroxymethyl)phenylimino- methyl]phenol`, (C13H10N2O4) `2-[2-hydroxy-4-nitrophenyl)aminomethylene]cyclohexa- 3,5-dien-l(2#)-one`, which are Schiff bases with (ChH^Os) `6-Methoxy-5- (phenyldiazenyl)salicylaldehyde`, (C26H22N40sZn) `Bis(4-hydroxybenzoato-icO)bis(ni- cotinamide-KN)zinc(II)` and (C11H11NO3S) `Methyl 3-(2-oxobenzothiazolin-3-yl)propano- ate` molecules have been determined by single crystal x-ray diffraction technique. The structure were solved by direct methods and the atomic parameters were refined by full- matrix least-squares and difference-Fourier methods. C18H20CIN3O5, Monoclinic, P2ı/c, a=15,4723(2)Â, b=10,5669(8)Â, c=ll,1850(8)Â, (3=98,900(3)°, V=1806,7(2)Â3, Z=4, Dx=l,448g/cm3, MMoKa)=0,71069Â, ^O^mm'1, T=293(2)K, R=0,037, wR=0,105, S-1,04, F(000)=824. `4-[(2-Chlorophenyl)diazenyl]-6-methoxy-2-{[tris(hydroxymethyl)methyl] ami- nomethylene}cyclohexa-3,5-dien-l(2//)-one` complex has a trans configuration and it was found for C18H20CIN3O5 complex that the dihedral angle between two phenyl rings was 35,6(2)°. The N=N bond length is 1,260(2) Â and this value is in a good agreement with the reported values. The crystal packing is stabilized by intra- [N-H...0 and C-H...0] and inter-molecular [O-H...0 ve C-H...0] hydrogen bonding interactions. C14H13NO2, Monoclinic, P2ı/n, a=4,587(4)Â, b=19,742(2)Â, c=12,620(l)Â, p=94,872(7)°, V=1138,6(2)Â3, Z=4, Dx=l,326g/cm3, MMoKoc)=0,71069Â, ^0,09mm`', T=293(2)K, R=0,044, wR=0,108, S=0,89, F(000)=480. It was found that `2-[2-(hydroxymethyl)phenyliminomethyl]phenol` complex has a nearly planar structure. It also exhibits thermochromic feature due to the planarity in the structure. In addition to this feature it was determined to be m fenol form. Intra- [O-H...0 and C-H...0] and inter-molecular O-H...0 hydrogen bondings were observed.vnı Cı3H,oN204, Monoclinic, P2j/c, a=ll,953(l)Â, b=8,091(5)Â, c=12,421(l)Â, P=l 08,268(9)°, V=1140,7(2)Â3, Z=4, Dx=l,504g/cm3, A.(MoKa)= 0,71069Â, uMUImm`1, T=293(2)K, R=0,038, wR=0,108, S=l,04, F(000)=536. 2-[2-hydroxy-4-nitrophenyl)aminomethylene]cyclohexa-3,5-dien-l(2//)-one` has keto-amine tautomeric structure with the angle of 10,79(4)° between the planes of aromatic rings. In the structure, intra- [N-H...O] and inter-molecular [0-H...0 and C-H...O] hydrogen bondings were observed. C14H12N2O3, Orthorhombic, Pbcn, a=10,604(l)A, b=12,990(l)Â, c=18,117(l)Â, V=2495,6(4)Â3, Z=8, Dx=l,364g/cm3, X(MoKa)=0,71069Â, u^lOnim'1, T=293(2)K, R=0,042, wR=0,100, S=0,84, F(000)=1072. It was seen that `6-Methoxy-5-(phenyldiazenyl)salicylaldehyde` complex was nearly planar as in the other azo-benzene derivatives. At the same time, the structure in question has trans configuration. The bond lengths of C-O(hydroxy) [1,342(2)Â], -N=N- [1,255(2)Â] and C-N [1,432(2)Â] are in agreement with the values of the structures reported previously. C26H22N408Zn, Monoclinic, P2ı/n, a=10,316(l)Â, b=22,606(3)Â, c=10,893(l) Â, (3=95,375(6)°, V=2529,0(5)Â3, Z=4, Dx=l,533g/cm3, X(MoKa)=0,71073 Â, n=l,03mm`', T=293(2)K, R=0,033, wR=0,095, S=l,04, F(000)=1200. `Bis(4-hydroxybenzoato-KO)bis(nicotinamide-KN)zinc(II)` complex, containing two 4- hydroxybenzoato and two nicotinamide (NA) ligands, is crystallographically centrosymmetric mononuclear complex. Besides, one of the 4-hydroxybenzoato ligand acts as bidentate ligand, while the other 4-hydroxybenzoato ligands act as monodentate ligands. CiiHnN03S, Monoclinic, P2,/c, a=7,911(l)Â, b=8,386(3)Â, c=16,490(2)Â, P=93,65(l)°, V=1091,8(4)Â3, Z=4, Dx= 1,443 g/cm3, A,(MoKoc)=0,71069Â, u=0,29mm'/ T=293(2)K, R=0,039, wR=0,126, S=l,03, F(000)= 496.IX It was seen that `Methyl 3-(2-oxobenzothiazolin-3-yl)propanoate` was nearly planar. The bond lengths and angles in the structure are in the range of expected values. It has also seen that there was inter-molecular C-H...0 hydrogen bonding in the structure. Key words : Direct methods, Schiff bases, keto-fenol tautomeric form, azo complexes, nicotinamide.