A common representation, standardization, analysis for de novo sequencing results

Abstract

Proteomiks genomdan gelen proteinleri inceleyen bir bilim dalıdır. Günümüzde, kütle spektrometresi proteomiks alanında proteinleri tanımlamada ve sıralamada en çok tercih edilen araç konumundadır. Kütle spektrometresi kullanarak veri tabanı arama yöntemi ve de novo sıralama algoritmalarıyla proteinler tanımlanıp sıralanabilmektedir. Veri tabanı arama ve de novo sıralama yöntemlerinin belli avantajları ve dezavantajları bulunmaktadır. Buna rağmen, de novo sıralama yönteminin gelecekte diğer yönteme göre tercih edileceği düşünülmektedir. De novo sıralama yöntemi düşünüldüğünde, sonuçların kayıt etmek ve paylaşmak noktasında genel bir çözüm bulunmaması bu sonuçların etkili kullanımını düşürmektedir. BU sonuçların entegrasyonu ve analizi gerekmektedir fakat şu andaki koşullarda, bu sonuçlar peptid tanımlama ve protein sıralama noktasında bir kanıt olarak kullanılması mümkün değildir. Bütün bu problemleri çözmek için de novo sıralama sonuçlarının standartlaştırmasınoktasında önemli bir gereksinim bulunmaktadır.Bu gereksimleri karşılamak için de novo markup language (DNML) ve de novo ms Ontology (DNMSO) standartları geliştirilmiştir. Bu standartlar spectra ve tahminler arasında çok-çok ilişki, değişim ve birleştirme fonksiyonları, bütün sonuçların gösterilmesi, PTM?leriiçinde barındırması, öz oluşuyla, açık format sunmasıyla de novo sıralama sonuçlarının entegrasyonu ve analizinde kolaylık sağlayacağı düşünülmüştür. Bunun dışında, bu standarttın rahat kullanılışınısağlamak amacıyla alanda eksikliği duyulan programlama ara yüzü geliştirilmiştir. Öz, modüler ve kolaylıkla genişletilebilir özellikleri yanı sıra okuma, yazma, yaratma, çevirme, bu alandaki diğer standartları destekleme özellikleri ile bu alandaki eksiklik giderilmeye çalışılmıştır. Son olarak, analizleri kolaylaştırmak amacıyla grafik kullanıcı ara yüzü geliştirilmiştir. Ara yüz ile okuma, görüntüleme, özetleme, çevirme sağlanmıştır.

Proteomics is the study of the proteins that can be derived from a genome. For the identification and sequencing of proteins mass spectrometry has become the tool of choice. Within mass spectrometry-based proteomics proteins can be identified or sequenced by either database search or de novo sequencing. Both methods have certain advantages and drawbacks but in the long run we envision de novo sequencing to become the predominant tool. Currently, there is no a general solution to store and share de novosequencing results which diminishes the usefulness of these results. Hence, they need to be integrated and further analyzed and cannot be used directly as evidence forpeptide identification and protein sequencing at present. In order to make improvements the field of de novosequencing a standard is vitally important.In an attempt to overcomethe standardization problem, the de novomarkup language (DNML) and De NovoMSOntology (DNMSO) are developed.These standards provide many-to-many relationships between spectra and predictions, exchange and mergingfunctions, showing all results, PTMs, compact, no using proprietary formats.Next, a programming interface is developed since it is thought that the missing of proper APIs as another obstacle, introducing a needlessly high learning curve for developers.It is standard, compact, modular,easily extensible and also have read, write, create, convert, supports current standards facilities.In order to allow the experimental proteomics community to analyze data stored in the DNMSO standard, Graphical User Interface is developed , DNMSO Analyzer, to provide some facilities such as reading of various spectra file formats, reading, viewing, summarizing of DNMSO, and several conversions from existing de novo results to DNMSO in DNMSO Analyzer