Bazı zeytin klonlarında RAPD markerleri kullanılarak genetik ilişkinin belirlenmesi

Abstract

Zeytin ağacı {Olea europaea L.) temelde Akdeniz bölgesinde bulunan kültüre alınmış bir bitkidir. Edremit, zeyincilik ve zeytinyağı üretimi açısından Türkiye'de en önemli bölgelerden birisidir. Bölgede sayısız kültüre alınmış zeytin klordan bulunmakta ve bunların büyük çoğunluğunun morfolojik olarak ayırımı yapılamamaktadır. Bu yüzden, moleküler markerların kullanımı özellikle zeytin klonlanım ayırt edilmesi ve genetik ilişkilerinin belirlenmesi açısından gereklidir. Bu çalışmada, Edremit Zeytincilik Fidan Üretme Merkezinden elde edilen zeytin klordan arasındaki genetik ilişki RAPD-PCR tekniği kullanılarak incelenmiştir. RAPD markerleri bitki türleri ve diğer organizmalar arasındaki genetik ilişkiyi belirlemede kullanılan bir teknikdir. Fakat bitkilerden yüksek saflıkda DNA izolasyonu, farklı bitkilerin yüksek düzeyde polisakkarit ve polifenolik bileşikler içerdikleri için zordur. Bu yüzden, farklı yöntemler kullanılarak RAPD-PCR için uygun olabilecek modifiye DNA izolayon yöntemi geliştirildi. En iyi reaksiyon koşullanın belirlemek amacıyla RAPD-PCR reaksiyonları optimize edildi. Farklı zeytin klonlanmn modifiye prosedürle elde edilen DNA' lan ve 9 farklı 10 bazlık primer kullanılarak RAPD-PCR reaksiyonlan gerçekleştirildi. Jel elektroforezi sonucunda elde edilen amfiliye edilen bantlar arasında var ve yok olan bantlar değerlendirildi. Zeytin klordan arasında genetik ilişkinin belirlenmesi içinde ayrıca Pairwise Distance analiz de yapıldı ve UPGMA algoritması kullanılarak bir fenogram oluşturuldu.ANAHTAR SÖZCÜKLER: Olea europaea, Türkiye, Zeytin, RAPD, genetik çeşitlilik.

Olive tree (Olea europaea L.) is a cultivated plant mainly localized in Mediterranean region. Edremit is one of the most important regions in Turkey for the production of olive and oil olive oils. There are numerous cultivars in the region, which most of them cannot be identified by phenotypic markers. Therefore, the use of the molecular markers is required for identification and genetic relationship for the olive clones. In this study, genetic relationships of six olive clones obtained from Edremit Olive Germplasm Center were investigated using RAPD markers. Random Amplified Polymorphic DNA (RAPD)-PCR is a technique that can distinguish the genetic relationship amongst plant species and other organisms. However, isolation of high quality DNA from plant is difficult due to high level of polysaccharides and other substances that can interfere particularly RAPD-PCR reactions. Therefore, the genomic DNA suitable for RAPD-PCR reaction was optimized using different methods. The RAPD-PCR reaction parameters were optimized in order to obtain the best reaction conditions. The genomic DNA of different olive clones obtained from a modified procedure were subjected to RAPD PCR reaction using nine 10-mer primers. The absence and presence of the bands have been determined amongst the amplified patterns obtained from agarose gel electrophoresis. Pairwise Distance analysis have been also performed in order to evaluate the genetic relationship between olive clones and fenogram has been obtained using UPGMA algorithms.KEY WORDS: Olea Europaea, Turkey, Olive, RAPD, genetic diversity.