Helicobacter pylori cagA and vacA gene variability in dyspeptic patients in Turkey

Abstract

TÜRKİYE'DE BULUNAN DİSPEPTİK HASTALARDA HELICOBACTER PYLORI cagA ve vacA GEN VARYASYONU HÜSEYİN SARTOAŞAK MASTER TEZİ, 2002 TEZ DANIŞMANI: Dr. BARIK SALİH ÖZET Helicobacter pylori genetik olarak farklılaşma göstermekte olup bazı suşlann daha fazla patojenik olduğu varsayılmaktadır. CagA geni yüksek virulens için bir markör olarak düşünülmektedir. Öbür taraftan VacA s2 hariç si genide in vitro sitotoxin aktivitesi, peptik ülser hastalıkları ve cagA geni ile ilişkisi olduğu bulunmuştur. RFLP ise suş değişkenlğini ayırt etmekte kullanılan bir metoddur. Bu çalışmanın amacı PCR yöntemi ile peptik ülser, mide kanseri ve gastrit hastalarından alman mide biyopsi örneklerinde cagA ve vacA genlerini tespit etmek, bu genlerin bahsi geçen hastalılarla ilişkisini ortaya koymak ve cagA geninin farklılığını RFLP yöntemiyle değerlendirmektir. Materyal ve Yöntem: Dispepsiya ve karın ağrısından şikayet eden rastgele 73 hasta Samatya Hastanesin'de endoskopiye tabi tutuldu. Midenin antral kısmından PCR ve CLO için iki tane biyopsi alındı. Sonuçlar: cagA geni PCR yöntemiyle 27 gastrit hastasından 9'unda (33%), 6 mide ülseri hastasından 5'inde (89%), 28 onikiparmak barsağı ülseri hastasından 25'inde (83%) ve 12 kanser hastasından ll'inde (91.6%) bulunmuştur. VacA sinyal dizi genotipi sla ise sırasıyla gastrit, peptik ülser ve mide kanseri 19 (90%), 24 (86%) ve 11 (92%) oranlarında bulunmuştur. Öbür taraftan sla genine sahip olan bütün kanser ve peptik ülser hastalan cagA + iken 19 gastrit hastasından 9 tanesi cagA(+)' tir. EcoRI biri hariç hepsi için aynı şekilde bi kesim düzeni verirken, Hae III ise 3 farklı pattern ortaya çıkartmıştır. Tartışma: CagA, gatritle karşılaştırıldığında, peptik ülser, mide kanseri ve vacA-sla expresyonu ile kuvvetli bir şekilde ilgilidir. RFLP HaeIII analizi kesimi suşlar arsında farklılığı ortaya çıkartmıştır. Anahtar kelimeler: Helicobacter pylori, cagA, vacA, peptik ülser, mide kanseri, PCR, RFLP. ii

HELICOBACTER PYLORI cagA AND vacA GENE VARIABILITY IN DYSPEPTIC PATIENTS IN TURKEY HÜSEYİN SARIBAŞAK MS thesis, 2002 Thesis Supervisor: Dr. BARIK SALİH (Associate professor) ABSTRACT Helicobacter pylori display genetic diversity and certain strains are more pathogenic than others. CagA gene is considered as a marker for increased virulence. VacA-sl, but not s2 is associated with in vitro cytotoxin activity, peptic ulcers and cagA expression. Our aims were to detect and correlate the expression of cagA and vacA genes in gastric biopsies from patients with gastritis, peptic ulcer and gastric cancer and to evaluate cagA gene diversity using RFLP-PCR. Materials and Methods: Seventy three patients attending the endoscopy unit at Samatya Hospital complaining of dyspepsia and abdominal pain were selected randomly. Two biopsies were obtained from the antral part of the stomach for CLO and PCR. Results: CagA gene was detected by PCR in 9 (33%) of 27 patients with gastritis, 30 (88%) of 34 with peptic ulcers and 11 (92%) of 12 with gastric cancer. VacA signal sequence genotype sla was detected in 18 (67%), 28 (82%) and 8 (67%) of gastritis, peptic ulcer and gastric cancer patients respectively. All peptic ulcer and gastric cancer patients who were cagA positive also expressed vacA-sla genotype. Among 18 vacA-sla gastritis patients, only nine expressed cagA gene. VacA m region subtyping gave a variable result due to the detection of multiple strains in the majority of samples. EcoRI digestion of cagA revealed similar pattern among thirty-one patients, while Haelll, showed three different patterns. Conclusions. CagA is significantly associated with peptic ulcer, gastric cancer and vacA-sla expression as compared to gastritis. RFLP analysis using Haelll enzyme revealed variability among these strains. Keywords: Helicobacter pylori, cagA, vacA, peptic ulcer, gastric cancer, PCR, RFLP loon*****8 ft 08